PROSITE entry PS51287

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	T_AG_OBD
Accession [info]	PS51287
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-JAN-2007 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51287
Associated ProRule [info]	PRU00620; PRU50000

Name and characterization of the entry

Description [info]

Large T-antigen (T-ag) origin-binding domain (OBD) profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=116;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=111;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.7107213; R2=0.0230438; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=252; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=165; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-11; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='P';  M= -9,-21,-20,-22,-13,-38,-21,-21,-28,-12,-28,-29,-21, 71,-12,-22,-10,-10,-19,-38,-29,-13;
/M: SY='S';  M=  8,-10,-14, -8, -5,-20,-12,-17, -9, -8,-17, -7, -8, -7, -5,-15,  9,  3, -4,-31,-19, -5;
/M: SY='D';  M= -5,  7,-21, 14, 13,-27,-15,-10,-18, -5,-25,-17, -2,-16,  5,-13,  4, -6,-16,-34,-22,  9;
/M: SY='L';  M=-14,-35,-10,-35,-28, -4,-36,-29, 21,-26, 28, 15,-34,-26,-20,-22,-24, -3, 16,-23,-11,-26;
/M: SY='H';  M=-14,-11,-26,-11,  3,-11,-25,  6,-14, -5,-10, -6, -9,-20,  0, -4,-11, -8,-15,-20,  1,  0;
/M: SY='S';  M= 12, -9,-15, -9, -2,-16,  3,-12,-20, -7,-25,-16, -7,-14, -4,-11, 13, -3,-16,-26,-17, -2;
/M: SY='F';  M=-13,-27,  4,-34,-27, 29,-27, -6, -6,-25, -7, -9,-24,-33,-25,-28,-13,-15,-11,  3, 26,-27;
/M: SY='L';  M=-17,-38,-10,-38,-30, -2,-38,-30, 21,-28, 34, 18,-38,-27,-20,-22,-28, -8, 14,-22,-10,-28;
/M: SY='S';  M= -1, -8,-12,-10, -8,-16,-11,-14,-10, -8,-12, -9,  1,-16, -5,-12, 19,  4,-13,-28,-17, -8;
/M: SY='H';  M= -6, -3,-17, -8,  2,-19,-17, 25,-24, -6,-24,-14,  3,-16, 10, -3, -1, -4,-19,-25, -5,  3;
/M: SY='A';  M= 29,-18, -7,-19, -8,-23, -4,-18,-14, -3,-21,-13,-17, -6, -7, -2,  6, -2, -5,-31,-21, -8;
/M: SY='V';  M= -7,-22,-18,-25,-17,-14,-30,-22, 11, -3,  2,  0,-20,-21,-12, -6,-15, -7, 13,-27,-14,-14;
/M: SY='F';  M=-11,-20,-18,-25,-17, 23,-22, -7, -8,-14,-10, -7,-16,-27,-17,-18, -3,-11,-12, -4, 16,-17;
/M: SY='S';  M=  4, -9,-12, -9, -7,-17,-12,-14, -6, -6,-16,-10, -2,-14, -2,-14, 19,  7, -4,-28,-17, -5;
/M: SY='N';  M=-16, 19,-30,  6,  7,-30,-13, 10,-30,  4,-33,-13, 38,-16, 21,  3,  7, -3,-26,-33,-20, 11;
/M: SY='R';  M= -3, -4,-27,-10,  3,-26,-13, -6,-26, 21,-26,-20,  4,-14,  6, 25, 10, -3,-24,-30,-20,  3;
/M: SY='T';  M=  0,-17, 25,-21,-21,-20,-24,-24,-10,-17,-10,-14,-11,-17,-17,-21,  3, 29, -4,-26,-20,-21;
/M: SY='P';  M=-13,-28,-20,-29,-19,-10,-29,-19, -4,-19,  1, -1,-26, 10,-12,-20,-18,-11, -2,-23, -9,-17;
/M: SY='D';  M=  3,  6,-24,  8,  6,-30, -9,-10,-23, -5,-31,-20,  3, -1, -2,-10,  4, -5,-19,-37,-24,  3;
/M: SY='C';  M= 10,-22, 41,-27,-26,-20,-13,-24,-11,-20,-16,-16,-21,-21,-20,-27,  2, -5, -7,-25,-20,-25;
/M: SY='F';  M=-20,-19,-23,-29,-19, 35,-27, 22,-10,-23,-10, -7,-16,-33,-16,-19,-17,-20,-17, -1, 26,-19;
/M: SY='L';  M=  1,-32, -7,-32,-23, -7,-27,-27, 13,-23, 18,  9,-32,-23,-18,-18,-16, -7,  9,-23,-13,-23;
/M: SY='I';  M= -9,-32,-10,-32,-30, -3,-37,-30, 33,-27, 21, 12,-32,-27,-25,-28,-22, -7, 29,-23,-10,-27;
/M: SY='Y';  M=-16,-30,-16,-31,-24, 21,-33,  1,  8,-23,  1, -2,-24,-30,-23,-24,-20,-16,  5,  5, 39,-23;
/M: SY='T';  M=  1, -9,-10, -9, -9,-20,-17,-19,-11, -9,-13,-11,  1,-10, -9,-10, 14, 44, -3,-30,-20, -9;
/M: SY='T';  M=  3, -8,-10, -8, -8,-20,-15,-18,-12, -8,-14,-12,  2,-10, -8,-10, 16, 41, -4,-30,-20, -8;
/M: SY='K';  M= -9,-10,-15,-18, -7,-20,-24,-10,-12, 12,-13,-10, -7,-18, -4,  0, -6, -9, -9,-27,-15, -7;
/M: SY='E';  M= -8,  7,-32, 12, 32,-28,-18, -2,-26,  6,-27,-17,  5,-11, 16, -1,  5,  1,-24,-30,-20, 27;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,-10, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-20,  0,-10, 10, 20,  0,-10,-20,-30,-20, 10;
/M: SY='A';  M=  9,-27,  5,-28,-22,-13,-14,-24, -1,-20,  0,  5,-25,-21,-15,-20, -8, -6,  2,-25,-17,-21;
/M: SY='Q';  M= -1, -6,-26, -7, 11,-29,-17, -5,-26,  9,-23,-12, -7,  2, 22,  5, -1, -8,-18,-28,-21, 13;
/M: SY='Q';  M=-12,-12,-23,-11,  2,-17,-28,-10, -4, -8, -1,  1,-12,-19, 11, -8,-11, -9, -5,-24,-16,  4;
/M: SY='L';  M=-20,-40,-10,-40,-30,  0,-40,-30, 20,-30, 40, 20,-40,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,-10,-30;
/M: SY='Y';  M=-16,-20,-24,-22, -9,  9,-26, 13,-17, -3,-15,-11,-13,-24, -3, -5,-14,-16,-14,  4, 38, -7;
/M: SY='K';  M= -3, -1,-26, -4,  5,-31,-14,-12,-26, 15,-30,-21, -2,  7,  2,  0,  3, -7,-19,-34,-23,  4;
/M: SY='K';  M= -9, -6,-17,-12,  0,-22,-21,  2,-22, 14,-20,-13, -3,-14,  8,  3,  0, -2,-16,-26,-14,  2;
/M: SY='I';  M=-14,-35,-10,-35,-30, -1,-39,-30, 30,-29, 29, 15,-35,-29,-25,-25,-25, -9, 21,-21,-10,-29;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='M';  M=-10,-21,-17,-21,-11,  0,-24, -9,  1,-14,  7, 23,-16,-22, -1,-14,-13, -9,  0,-13,  1,-11; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='E';  M= -7,  7,-33, 11, 27,-29,-11, -4,-28,  5,-29,-19,  3,-12, 12, -2,  2, -5,-25,-31,-21, 21;
/M: SY='K';  M= -9,  1,-28, -7,  7,-23,-17, 17,-28, 21,-30,-19,  6,-14,  8,  8,  1,-10,-23,-28, -9,  6;
/M: SY='Y';  M=-18,-28,-20,-34,-24, 38,-29,  1, -4,-21, -5, -5,-24,-33,-23,-23,-19,-18, -7,  9, 41,-23;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='S';  M= -1, -7,-22,-10, -5,-24, -3,-13,-24,  3,-25,-20, -1, -8, -4,  2, 10,  7,-18,-30,-21, -5;
/M: SY='V';  M= -1,-20,-10,-21,-18,-14,-24,-22,  4,-12, -6, -6,-21,-12,-15,-16,-11, -6,  7,-27,-14,-16;
/M: SY='T';  M= -4, -5,-22, -7, -3,-22, -1,-12,-23, -1,-25,-18,  1,-14, -6, -7,  5, 10,-16,-28,-17, -4;
/M: SY='F';  M=-16,-19,-24,-26,-18, 22,-13,  5,-15,-17,-14, -9,-17,-29,-14,-18,-13,-19,-17, -4, 16,-17;
/M: SY='I';  M= -9,-20,-16,-23,-19, -9,-25, -9, 12,-16,  1, -1,-18,-24,-16,-18,-13,-10,  9,-23, -8,-18;
/M: SY='S';  M=  0,-13, -5,-12,-11,-14,-18,-15, -5,-12,-11, -3, -9,-19, -5,-17,  5,  1, -3,-24,-12,-10;
/M: SY='R';  M= -5,-22,-13,-27,-14,-12,-24,-10, -8, -9, -1, -4,-18,-23, -5,  5,-13, -9, -8,-23,-11,-13;
/M: SY='H';  M= -5,-10,-21,-13, -6,-14,-20, 13,-11, -4,-17,-10, -8,-18,  1, -7, -7,-10, -7,-24, -1, -4;
/M: SY='H';  M=-17,-13,-26,-19,-10, -7,-15, 12,-20,-15,-20, -6, -5,-26, -4,-14,-12,-17,-22,  5,  5,-11;
/M: SY='Y';  M= -8,-15,-17,-16,-11, -3, -9, -9,-20,-13,-23,-18,-14,-24,-12,-18, -4,-14,-20,  1,  3,-12;
/M: SY='S';  M= -4, -7,-23, -8, -4,-19,  1, -6,-24, -7,-24,-17, -1,-16, -4, -6,  3,  3,-18,-24,-11, -4;
/M: SY='G';  M= -5,  3,-29,  3,  0,-29, 18,-11,-32, -5,-35,-24,  5,-16, -6,-10,  6, -7,-26,-33,-25, -2;
/M: SY='H';  M=-15,-12,-25,-13,-10,  0,-14, 17,-14,-17,-18,-14, -9,-25,-10,-16,-12,-17,-15,-13, 14,-11;
/M: SY='A';  M= 13, -5, -7,-11,-10,-23, -1,-12,-17, -9,-26,-15,  4,-16, -9,-11,  8, -2,-11,-32,-20,-10;
/M: SY='I';  M=-14,-32,-14,-34,-28,  5,-35,-25, 19,-27, 19, 14,-31,-23,-22,-25,-22,-11, 13,-18, -5,-27;
/M: SY='L';  M=-16,-36,-12,-37,-28,  4,-37,-27, 20,-28, 29, 23,-34,-30,-19,-23,-26,-10, 13,-18, -7,-28;
/M: SY='F';  M=-14,-32,-16,-36,-29, 27,-32,-17, 11,-26,  9,  9,-30,-32,-23,-27,-22,-13,  7, -6, 14,-26;
/M: SY='F';  M=-16,-32,-14,-36,-30, 23,-36,-22, 20,-30, 17,  9,-32,-34,-28,-28,-22,-14, 10, -9,  5,-30;
/M: SY='L';  M=-14,-29,-14,-29,-21, -5,-36,-23, 18,-23, 21, 16,-28,-27, -9,-19,-21,-10, 12,-20,-12,-19;
/M: SY='T';  M= -7,-21,-11,-21,-17,-12,-27,-23,  1,-17,  9,  5,-15,-18,-12,-14, -6, 25,  4,-26,-16,-17;
/M: SY='P';  M= -4,-14,-25,-12,  1,-25,-16,-16,-16, -9,-16, -9,-15, 11, -4,-14, -7, -4,-11,-31,-21, -1;
/M: SY='H';  M= -8, -3,-26, -9, -5,-23, -3,  7,-27,  1,-27,-19,  5,-16, -1,  2,  0,  1,-21,-29,-13, -5;
/M: SY='K';  M= -8, -8,-31,-14,  0,-32,-12,-11,-30, 19,-29,-23, -5,  9,  2, 13, -1, -9,-23,-32,-23,  0;
/M: SY='H';  M=-12, -4,-22,-10, -4,-14,-20, 39,-22,-10,-22,-16,  6,-16,  2, -4, -2,  9,-18,-24,  4, -4;
/M: SY='R';  M=-10,-10,-40,-20,  0,-30,-20,  0,-30, 20,-20,-20,  0,-20, 10, 60,-10,-10,-30,-30,-20,  0;
/M: SY='V';  M= -2,-30,-10,-30,-30, -8,-32,-30, 32,-22, 12, 10,-30,-22,-22,-30,-20, -2, 38,-28,-10,-22;
/M: SY='S';  M= 10,  1,-11, -1, -1,-21, -1, -9,-20, -1,-30,-19, 12,-11, -1, -9, 36,  9,-19,-31,-20, -1;
/M: SY='A';  M= 24,-16, -4,-16,-10,-20, -8,-20,-10,-10,-16,-10,-12,-10,-10,-10, 10, 20,  0,-30,-20,-10;
/M: SY='V';  M= -5,-31,-11,-31,-29, -6,-33,-29, 30,-23, 15, 14,-30,-24,-21,-28,-21, -4, 33,-26,-10,-23;
/M: SY='N';  M=-15, -1,-27, -9, -2,-16,-15,  6,-19,  2,-21,-14,  7,-20, -2, -3, -5,-11,-18,-26, -9, -3;
/M: SY='N';  M=-18, 26,-29,  8,  0,-28,-10, 13,-29,  0,-39,-20, 53,-19,  1, -1, 11, -1,-29,-38,-17,  0;
/M: SY='F';  M=-20,-31,-19,-36,-26, 44,-31,  0, -2,-26, -1, -2,-27,-35,-25,-25,-21,-19, -9, 12, 43,-26;
/M: SY='C';  M=  1,-30, 84,-39,-38,-19,-29,-29,-10,-29,-10,-19,-29,-29,-29,-38, -9,-10,-10,-20,-18,-38;
/M: SY='Q';  M= -2, -7, -8,-11,  2,-25,-18, -8,-21, 12,-21,-11, -5,-13, 16,  0,  4, -6,-14,-26,-19,  5;
/M: SY='K';  M= -8, -1,-28, -9,  8,-29,-19,-11,-28, 44,-29,-19,  1,-10,  8, 17,  3, -5,-19,-30,-20,  8;
/M: SY='Y';  M=-19,-24,-19,-27,-16,  4,-31,  9, -4,-16,  4,  0,-20,-26, -8,-12,-19,-15, -8,-11, 14,-16;
/M: SY='C';  M=  0,-30, 88,-40,-40,-19,-30,-29,-10,-30,-10,-20,-30,-30,-30,-40,-10,-10,-10,-19,-18,-40;
/M: SY='T';  M=  1, -9,-11, -9, -9,-20,-18,-18,-12, -8,-13,-11,  1,-10, -8, -8, 13, 44, -3,-30,-20, -9;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='I';  M= -9,-29,-13,-33,-29, 18,-31,-22, 20,-25,  8,  6,-29,-28,-25,-29,-20, -9, 19,-13,  5,-25; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='S';  M=  9,  0,-11,  0,  0,-20, -1, -7,-20,  0,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 38,  9,-20,-30,-19,  0;
/M: SY='F';  M=-16,-29,-19,-35,-27, 31,-31,-16,  4,-27,  2, -1,-29,-20,-26,-28,-19,-16, -2, -5, 12,-27;
/M: SY='L';  M=-14,-36, 11,-38,-31, -2,-37,-26, 14,-29, 23,  8,-35,-30,-23,-26,-24,-11,  7,-17, -7,-31;
/M: SY='I';  M= -6,-22, -6,-24,-20, -8,-29,-17, 14,-20,  5,  6,-20,-24,-13,-22, -9, -6, 11,-23,-11,-18;
/M: SY='C';  M=  3,-29, 42,-34,-34,-16,-28,-29,  7,-24, -2, -7,-29,-24,-24,-34,-13, -5, 12,-25,-16,-30;
/M: SY='K';  M=-10, -4,-34,-14,  6,-30,-20, -6,-30, 39,-26,-20,  0,-14, 10, 34, -4,-10,-24,-30,-20,  6;
/M: SY='G';  M=  8,-12,-24,-12,-18,-28, 48,-20,-34,-18,-36,-26,-12,-18,-18,-18,  2,-16,-24,-30,-28,-18;
/M: SY='V';  M= -4,-31,-10,-31,-30, -7,-33,-30, 32,-23, 14, 11,-31,-23,-22,-29,-21, -3, 36,-27,-10,-23;
/M: SY='N';  M=-12,  2,-23, -8, -3,-24,-20, -9,-16, 12,-20,-12, 13,-16, -2,  1,  0,  2,-12,-32,-18, -3;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,-10, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-20,  0,-10, 10, 20,  0,-10,-20,-30,-20, 10;
/M: SY='E';  M=-14,  5,-34,  3, 16,-30,-18,  8,-30,  0,-32,-23,  9, 10,  6, -5, -2, -9,-27,-33,-17, 12;
/M: SY='Y';  M=-11,-28, 12,-31,-24,  1,-24, -7, -8,-22, -4, -4,-23,-28,-16,-24,-16,-14, -8, -6, 15,-24;
/M: SY='L';  M=-12,-23,-19,-21, -7,-13,-31,-21,  6,-16, 10,  4,-26,-16, -9,-17,-19, -8,  4,-26,-14, -8;
/M: SY='M';  M=-10,-22,-10,-25,-16, -6,-21, -3, -7,-18,  1,  7,-19,-25, -2,-15,-14,-12, -7,-19, -6,-14;
/M: SY='Y';  M= -5,-24,-17,-25,-14, 11,-22,  7,-13, -8,-15,-11,-17,-23,-14,-12,-11,-14, -9,  2, 37,-14;
/M: SY='S';  M= -8,-12, -9,-16,-11,-15,-20,-14, -8, -9, -4, -4, -6,-20, -3,-11,  2, -3,-10,-26,-16,-10;
/M: SY='V';  M=  6,-25, -2,-26,-21,-11,-23,-20,  9,-19,  2,  0,-24,-20,-17,-20, -9, -1, 12,-26,-12,-19;
/M: SY='L';  M=-12,-21,-12,-21,-14,-14,-30,-22,  2,-12,  8,  1,-23,-23,-11,-11,-17, -6,  1,-26,-15,-14;
/M: SY='T';  M=  5,-18, 14,-20,-19,-18,-20,-23, -4,-16, -9,-10,-13,-17,-16,-19,  3, 20,  1,-27,-19,-18;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='R';  M= -7,-19,-22,-25,-12, -7,-23,-12, -8,  0, -3, -2,-15,-22, -5, 10,-12, -9, -8,-20, -9,-11; D=-12;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='D';  M= -3,  4,-23, 10,  6,-26,-13,-10,-16, -5,-22,-13, -3, -8,  7,-12,  3, -4,-11,-32,-20,  6; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='P';  M=-10,-14,-30,-12, -4,-38,-19,-18,-29, -9,-29,-28,-15, 62, -7,-18, -7, -6,-20,-39,-29, -5;
/M: SY='F';  M=-16,-18,-24,-24,-16, 23,-14,  4,-14,-20,-15,-11,-14,-30,-18,-20,-13,-18,-17, -2, 22,-17;
/M: SY='Q';  M= -3,-13,-18,-13, -3,-15,-19, -7,-12, -5,-12, -8,-10,-10,  2, -9,  2, -6,-10,-23,-10, -2;
/M: SY='V';  M= -6,-18,-16,-14,-15,-14,-27,-24, 12,-18,  4,  2,-22,-21,-14,-22,-15, -4, 14,-30,-15,-13;
/M: SY='I';  M=-11,-32,-11,-32,-29, -4,-37,-30, 29,-27, 21, 11,-32,-23,-24,-27,-22, -8, 24,-23,-11,-27;
/M: SY='E';  M= -7,  6,-30, 12, 27,-28,-18, -6,-25,  6,-26,-17,  1,-11, 12, -3,  5,  5,-21,-31,-21, 22;
/M: SY='E';  M= -9,  5,-35, 14, 33,-28,-19, -5,-22,  4,-25,-15, -4,-12, 15, -5, -3, -9,-19,-31,-19, 27;
/M: SY='N';  M= -3,  6, -4, -1, -2,-24, -9, -6,-23, -4,-30,-20, 20,-16, -3,-10, 20,  2,-23,-32,-20, -3;
/M:         M= -5,-16,-16,-18, -9,-15,-24,-17,  0, -2, -3, -2,-15,-19, -2, -8, -4, -6,  0,-24,-16, -8;
/M: SY='P';  M= -8,-18,-23,-18, -6,-24,-24,-15,-11,-10,-10, -8,-19, 16,  3,-13,-10, -9, -8,-28,-21, -4;
/M: SY='G';  M= -4, -2,-29,  1, -9,-29, 33,-17,-31,-16,-34,-26, -6,-19,-14,-19,  1,-15,-25,-32,-27,-11;
/M: SY='G';  M= -5,-22,-20,-23,-21,-11,  5,-21,-11,-17, -7,  0,-20,-24,-15,-18,-11,-13, -8,-24,-16,-20;
/M:         M=-17, -9,-22,-11, -8,-14,-24, -4, -9,-14, -5, -6, -3,-16, -7,-12,-10, -8,-12,-27, -9,-10;
/M: SY='K';  M= -7, -5,-23, -8, -1,-24,-19, -8,-16, 10,-20,-10, -4, -8,  5, -3,  1, -2, -9,-30,-17,  1;
/M: SY='E';  M=-10, -9,-18, -6,  5, -6,-24,-12, -9,-10,-12, -9,-14,-21, -5,-17, -7, -9,-11,-22, -8,  2;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.

Total number of hits	20 in 20 different sequences
Number of true positive hits	20 in 20 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Taxonomic range [info]	Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Feature key [info]	DNA_BIND
Feature description [info]	T-ag OBD
Version [info]	4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

20 sequences

LT_BFPYV(P13894), LT_POVBA(P14999), LT_POVBG(P0DOJ4),

LT_POVBK(P03071), LT_POVBO(P24851), LT_POVHA(P03075), 
LT_POVJC(P03072), LT_POVK3(P0DOI7), LT_POVK6(P0DOI6), 
LT_POVKI(P0DOI5), LT_POVLY(P04008), LT_POVM1(P0DOJ6), 
LT_POVM3(P0DOJ5), LT_POVMA(P03073), LT_POVMC(P12905), 
LT_POVMK(P24597), LT_POVS1(Q3L6L5), LT_POVSM(A8Y984), 
LT_POVWU(A5HBG1), LT_SV40 (P03070)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

20 PDB

1TBD; 1Z1D; 2FUF; 2IF9; 2IPR; 2ITJ; 2ITL; 2NL8; 2NTC; 2TBD; 3QK2; 3QN2; 4FB3; 4FGN; 4GDF; 4LIF; 4LMD; 4NBP; 5CYN; 5D9I
» more