PROSITE entry PS51310

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	VPS28_C
Accession [info]	PS51310
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-MAY-2007 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51310
Associated ProRule [info]	PRU00642

Name and characterization of the entry

Description [info]

VPS28 C-terminal domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=97;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=92;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.9542081; R2=0.0241098; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=231; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=148; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-10; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S';  M= -1, -8,-17,-15,-10, -7,-15,-10,-11, -5,-16, -3,  1,-20, -7,-11,  3, -4, -9,-24,-10, -9;
/M:         M=-10,-11,-22,-12, -6,-16,-21,-14, -9, -9,-11, -9, -8,-21, -6, -7, -4, -6,-11,-17,-13, -7;
/M: SY='A';  M= 16,-19, 13,-23,-18,-21, -8,-21,-13,-16,-17,-13,-17,-12,-15,-18,  0, -5, -7,-28,-21,-18;
/M: SY='R';  M= -3, -6,-27,-11, -1,-27, -5, -9,-27, 15,-26,-20,  1,-15,  2, 20,  6, -2,-23,-30,-21, -1;
/M: SY='Y';  M= -8,-25, -7,-26,-17, -3,-26, -5, -2,-18,  2, -1,-21,-24, -9,-16,-12,-10, -4,-14,  4,-16;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-11,-32,-27, -4,-32,-27, 20,-24, 11,  5,-29,-26,-21,-26,-18, -8, 17, -9, -7,-24;
/M: SY='A';  M= 20,-25, -4,-25,-18,-14,-14,-24,  6,-16, -3, -1,-25,-16,-15,-17, -3, -2, 11,-28,-16,-16;
/M: SY='E';  M= -5,  4,-29, 11, 12,-27, -1,-10,-23, -6,-28,-19, -4,-16,  3,-12,  2,-10,-20,-32,-23,  8;
/M: SY='C';  M=  6,-24, 10,-27,-21,-16,-23,-23,  1,-16, -4, -6,-21,-21,-16,-13, -7, -1,  3,-26,-17,-21;
/M: SY='T';  M=  0,-13,-17,-12,-11,-20, -5,-20, -7,-12,-14,-10,-10,-15,-11,-17,  1, 13,  1,-30,-19, -9;
/M: SY='Q';  M= -6,  0,-28,  2, 12,-28,-11,  5,-28, -1,-28,-16, -2, -1, 19, -4,  1,-10,-23,-29,-18, 12;
/M: SY='N';  M=-13,  3,-14, -8, -5,-22,-17, 10,-23, -4,-24,-15, 17,-20,  3,  1,  1, -6,-23,-29,-13, -5;
/M: SY='F';  M=-19,-26,-21,-35,-24, 48,-29, -7, -4,-25, -3,  0,-26,-36,-18,-25,-17,-19,-11,  6, 24,-22;
/M: SY='I';  M=-11,-26,-14,-24,-20, -4,-37,-26, 29,-25, 15,  7,-27,-27,-23,-25,-18,-10, 21,-21,-11,-21;
/M: SY='T';  M=  0,-10,-15,-10,-12,-22, -1,-20,-17,-12,-17,-15, -2,-12,-12,-12,  8, 33, -7,-30,-22,-12;
/M: SY='I';  M= -9,-28,-14,-31,-26,  9,-29,-22, 13,-22, 10, 12,-26,-26,-18,-24,-16, -3, 13,-17, -2,-22;
/M: SY='M';  M=-13,-28,-19,-27,-14, -4,-32,-21,  8,-19, 20, 37,-24,-27, -4,-17,-21,-10,  5,-21,-11,-15;
/M: SY='D';  M=-19, 32,-39, 50, 16,-40,-11,-11,-30,-10,-39,-30,  6, -7, -1,-20, -1,-10,-29,-49,-30,  7;
/M: SY='A';  M= 25,-13, -6,-14, -6,-21, -4,-17,-14, -3,-22,-13,-10,-10, -6, -8, 16,  7, -6,-30,-20, -6;
/M: SY='L';  M=-13,-33,-10,-33,-26, -4,-34,-27, 18,-25, 26, 13,-32,-26,-18,-21,-19, -6, 11,-22,-11,-25;
/M: SY='K';  M= -9, -4,-33,-13,  3,-30,-10, -8,-31, 31,-28,-21, -1,-14,  6, 28, -3,-11,-24,-30,-21,  3;
/M: SY='L';  M=-16,-35,-10,-35,-26, -3,-35,-27, 15,-26, 31, 15,-34,-27,-17,-19,-21, -7,  6,-21,-11,-26;
/M: SY='N';  M=-16, 21,-32, 14, 12,-31,-14,  7,-30,  2,-34,-15, 33,-16, 19,  1,  5, -5,-27,-35,-21, 13;
/M: SY='M';  M=-12,-23,-20,-24,-14, -2,-28,-10, -3,-16,  1, 11,-19,-12, -2,-16,-14, -8, -2,-15,  0,-13;
/M: SY='R';  M= -9,-14,-24,-20,-10,-20,-25,-13, -8,  2, -6, -7, -7,-20, -4, 13, -9,  1, -6,-29,-17, -9;
/M: SY='A';  M= 27,-17,  9,-19,-12,-20, -5,-20,-12,-11,-19,-13,-15,-13,-11,-14, 12,  4, -4,-29,-20,-12;
/M: SY='K';  M= -6,-15,-21,-20, -9,-19,-25,-19, -2, 16,-10, -1,-14,-16, -3, -4,-10, -6,  7,-29,-15, -5;
/M: SY='D';  M=-15, 32,-36, 49, 20,-37,-10, -9,-29, -7,-38,-28,  9,-18,  2,-17,  5, -7,-29,-46,-28, 11;
/M: SY='Q';  M= -6,  0,-28,  2, 16,-28,-19,  2,-23,  4,-20, -4, -3,-12, 40,  2, -1, -8,-15,-25,-20, 22;
/M: SY='L';  M=-15,-36,-10,-36,-30, -2,-38,-30, 26,-28, 31, 16,-36,-28,-22,-24,-26, -8, 19,-22,-10,-28;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='H';  M=-16, -3,-25, -9,  0, -7,-19, 38,-23, -6,-21,-12,  5,-18, 12, -2, -7,-14,-21,-12, 16,  2; D=-8;
/I:         I=-8; MI=-17; MD=-17; IM=-17; DM=-17;
/M: SY='P';  M= -8,-17,-25,-17, -9,-34,-18,-18,-25, -9,-25,-25,-16, 65, -9,-17, -8, -5,-16,-35,-26, -9; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='L';  M=-15,-14,-19,-11,-14, -8,-19,-19, -4,-20,  3, -3,-20,-15,-14,-19,-15,-11, -7,-23,-12,-16; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='L';  M=-18,-35, -9,-35,-27,  0,-35,-27, 18,-27, 35, 18,-35,-27,-18,-18,-27, -9,  9,-18, -9,-27; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='S';  M=  5, -4,-18, -4, -3,-22, -1,-10,-20, -1,-23,-17,  0,-13, -2,  4, 12,  3,-17,-28,-19, -3; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='E';  M=-13, 20,-35, 32, 33,-30,-14, -4,-27,  2,-30,-21,  4,-13, 10, -7,  0, -9,-27,-34,-21, 24; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='L';  M=-16,-35, -9,-35,-27, -1,-35,-27, 18,-26, 33, 17,-35,-26,-18,-18,-26, -8, 11,-18, -9,-26; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='M';  M= -9,-27,-13,-27,-21,  0,-28,-19, 15,-20, 14, 22,-22,-24,-12,-20,-16, -7, 13,-17, -3,-20; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='Q';  M= -3, -4,-21, -4,  6,-20,-17, -7,-10, -1,-15, -7, -2,-13,  8, -3,  0, -4, -7,-25,-15,  7; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='S';  M=  4, -6,-13, -7, -9,-19,  2,-14,-15, -8,-21,-14,  2,-12, -8,-12, 13, 10, -9,-27,-18, -8; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='M';  M=-12,-29,-13,-29,-23,  2,-31,-19, 15,-22, 20, 24,-26,-26,-14,-20,-21, -9, 12,-14, -1,-22; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='N';  M=-13, 12,-30,  3,  1,-26, -5, 16,-30, -3,-34,-21, 24,-18,  5,  1,  5, -8,-28,-32,-14,  1;
/M: SY='R';  M=-11,  0,-36, -4,  5,-31,-18, -5,-28, 19,-25,-21,  2,-17,  7, 33, -5, -5,-26,-33,-22,  3;
/M: SY='L';  M=-14,-33,-13,-34,-26,  3,-34,-25, 15,-25, 24, 22,-30,-28,-16,-22,-23, -5, 11,-19, -7,-25;
/M: SY='S';  M=  3, -6,-15, -7, -7,-22,  1,-15,-18, -2,-24,-17,  1,-12, -6,-10, 19, 11,-12,-30,-21, -6;
/M: SY='H';  M=-12, -6,-31, -8,  1,-21,-15,  7,-19, -4,-17,-14, -5,-20,  1,  7,-10,-12,-18,-28,-11, -1;
/M: SY='T';  M= -8,-12,-16,-12, -9,-15,-21,-17, -3,-13, -1, -3, -9,-20, -8,-14, -1,  1, -5,-28,-16,-10;
/I:         I=-10; MD=-22;
/M: SY='P';  M= -6,-13,-17,-13, -8,-20, -7,-13,-15, -8,-14,-14,-13, 32, -8,-12, -7, -7,-11,-22,-17, -8; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='P';  M= -6,-12,-15,-13, -8,-11,-16,-11, -7, -9,-10, -8,-11, 11, -4,-12, -3, -6, -6,-18,-11, -7; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-22;
/M: SY='D';  M=-17, 30,-38, 45, 22,-37,-13, -7,-30, -1,-37,-26,  7,-17,  8,-12,  0,-10,-28,-44,-27, 15;
/M: SY='F';  M=-13,-25,-20,-31,-18, 29,-26,-11, -5,-21, -7, -4,-26,-31,-16,-23,-16,-16,-10,  7, 14,-17;
/M: SY='E';  M= -8,  7,-33, 15, 31,-27,-18, -4,-23,  4,-26,-17,  0,-12, 15, -5,  4, -7,-23,-30,-20, 25;
/M: SY='G';  M= -6,-11,-17,-16,-21,-14, 22,-16,-25,-20,-28,-20, -7,-24,-20,-21, -4,-15,-20,-24,-17,-20;
/M: SY='R';  M=-10,-12,-30,-19, -4,-17,-22, -4,-22, 11,-17,-16, -4,-19,  1, 28, -6,  0,-20,-23, -9, -4;
/M: SY='Q';  M= -6, -3,-24, -7, -1,-23, -4, -2,-24,  1,-23, -9,  3,-15,  9, -4,  6, -1,-18,-27,-18,  1;
/M: SY='K';  M= -6, -4,-25,-10,  3,-27,-18,-10,-25, 27,-24,-18,  1,-12,  5, 17,  5,  5,-17,-30,-20,  3;
/M: SY='I';  M=-10,-34,-11,-34,-29, -4,-36,-29, 27,-26, 24, 17,-33,-26,-21,-26,-24, -6, 25,-24,-10,-26;
/M:         M= -6,-16,-17,-18,-12,-16,-23,-12, -2, -7, -8, -8,-12, -8,-10,-13, -2, -2, -1,-27,-14,-12;
/M: SY='Q';  M=-11,  6,-29,  5, 16,-27,-18,  8,-27,  6,-25,-12,  7,-13, 25,  2,  1, -1,-21,-28,-17, 17;
/M: SY='W';  M=-28,-39,-20,-48,-29,  9,-30,-20,-17,-29,-15,-11,-38,-39,-18,-29,-29,-28,-25, 86, 17,-29;
/M: SY='Y';  M=-19,-28,-18,-32,-20,  6,-32, -8, -1,-19,  6,  1,-26,-29,-10,-16,-21,-15, -6,  2,  7,-19;
/M: SY='V';  M= -7,-12,-22, -9, -4,-17,-26,-16,  4, -9, -6, -4,-14,-19, -4,-12, -9, -6,  6,-29,-16, -2;
/M: SY='R';  M= -7, -8,-25,-13,  0,-24,-19, -8,-21, 14,-16,-12, -3,-15,  9, 18,  1,  1,-17,-28,-19,  1;
/M: SY='L';  M=-17,-28,-14,-26,-24, -2,-35,-26, 17,-27, 22, 10,-31,-29,-20,-23,-23,-10, 10,-22,-10,-24;
/M: SY='N';  M= -7, 11,-25,  9,  0,-30,  0, -7,-28, -5,-36,-24, 19, -4, -4,-11, 14, -2,-26,-37,-24, -2;
/M: SY='S';  M=  1, -3,-11,-10, -5,-25, -7, -9,-23,  3,-26,-17,  5,-15,  0,  1,  8, -1,-19,-30,-21, -4;
/M: SY='M';  M=-14,-21,-23,-20,-14, -5,-28,-14,  0,-15,  8, 27,-17,-28, -4,-10,-18,-11, -2,-21, -6,-15;
/M: SY='S';  M=  5, -4,-18, -8, -5,-24,  0, -9,-19, -4,-25,-14,  3,-14,  2, -5, 10, -2,-14,-30,-20, -3;
/M: SY='A';  M= 16,-12,-10,-10, -8,-21, -9,-18, -9,-11,-19,-13,-12, -5,-10,-15, 10, -1, -5,-31,-20, -9;
/M: SY='S';  M=  7, -6,-16, -5,  0,-24, -4,-14,-21, -4,-26,-19, -2,  1, -3,-11, 18,  8,-16,-31,-22, -1;
/M: SY='D';  M= -9, 19,-33, 30, 15,-34,-11, -8,-27, -3,-32,-22,  3,-17,  7, -4,  0, -9,-25,-40,-26, 10;
/M: SY='E';  M= -7, -5,-29,  0, 16,-23,-12, -9,-17, -3,-18, -7, -8,-15,  8, -9, -4, -5,-13,-28,-19, 13;
/M: SY='L';  M=-18,-26,-17,-24,-21,-11,-33,-26,  8,-25, 18,  6,-30,-13,-17,-21,-22,-10,  2,-27,-15,-22;
/M: SY='S';  M= -1,  7,-23, 11,  6,-27, -1,-10,-25, -5,-31,-21,  7,-14, -2,-11, 13,  3,-21,-35,-23,  3;
/M: SY='E';  M= -9, 11,-33, 19, 23,-30,-16, -6,-26,  2,-28,-21,  3,-14,  8,  0,  4,  0,-25,-35,-23, 17;
/M: SY='E';  M= -6, -6,-23, -4,  1,-22, -9,-13,-16, -6,-16,-12, -7,-16,  0, -7,  1, -2,-13,-29,-20,  0;
/M: SY='Q';  M= -8,  5,-32,  9, 13,-33,-16, -4,-28,  1,-27,-17, -2, -1, 18,  2, -2, -9,-23,-33,-24, 12;
/M: SY='A';  M= 19,-17, -9,-17,-12,-20, -1,-20, -9, -8,-18,-11,-15,-14,-11,-12,  5,  0, -1,-29,-20,-11;
/M: SY='R';  M=-11, -3,-40, -8,  8,-31,-19, -1,-30, 16,-23,-21,  1,-19, 10, 45, -8,-10,-30,-32,-21,  6;
/M: SY='E';  M=-10, 11,-35, 17, 25,-31,-16, -1,-29,  6,-29,-18,  3,-14, 21,  5,  2, -8,-27,-32,-22, 22;
/M: SY='F';  M=-14,-29,-16,-33,-24, 21,-29,-18,  5,-24, 11, 13,-26,-31,-18,-22,-14,-11, -2,-10,  4,-24;
/M: SY='L';  M= -3,-28,-12,-29,-20, -6,-25,-18,  2,-21,  6,  0,-27,-10,-16,-18,-14, -9,  1,-23,-10,-20;
/M: SY='F';  M=-11,-25,-19,-29,-17, 31,-25, -1, -7,-20, -9, -6,-23,-30,-20,-21,-14,-16,-10,  4, 31,-18;
/M: SY='D';  M=-14, 21,-33, 35, 13,-32,-16,-13,-17,-10,-28,-20,  0,-19, -2,-20, -4, -8,-15,-43,-24,  7;
/M: SY='L';  M=-15,-34,-13,-34,-27, -7,-36,-29, 18,-26, 23, 10,-34,-13,-21,-23,-24, -9, 12,-24,-13,-26;
/M: SY='E';  M=-13,  9,-36, 19, 33,-28,-21, -6,-23,  1,-22,-16, -4,-15, 11, -7, -4,-10,-24,-32,-20, 24;
/M: SY='S';  M= -2, -9,-13,-12, -3,-23,-16, -9,-19,  1,-17,-12, -2,-15,  7,  7,  9,  4,-17,-27,-19, -2;
/M: SY='A';  M= 21,-16,-13,-16,-12,-25, 13,-19,-21,-12,-27,-19,-16,  0,-12,-14,  6, -6,-12,-31,-24,-12;
/M: SY='Y';  M=-16,-26,-19,-26,-17, 23,-26, 16,-11,-17,-13,-11,-16,-27,-17,-19,-11,-16,-11, 13, 57,-17;
/M: SY='Q';  M=  8, -2,-18, -7,  3,-25, -9, -6,-22,  7,-26,-12,  3,-11, 12,  1, 10, -3,-15,-29,-20,  5;
/M: SY='A';  M= 11,-12, -6,-14, -5,-26, -6,-17,-21, -2,-25,-19,-12,  0, -6,-10,  6, -5,-14,-30,-22, -5;
/M: SY='F';  M=-15,-27, -9,-36,-28, 42,-29,-13, -2,-27, -2, -3,-26,-35,-27,-28,-15, -9, -9,  2, 18,-28;
/M: SY='Y';  M=-15,-14, -7,-21,-14, -6,-25,  2,-13, -6,-12, -8, -5,-24, -9,-11,-11,-12,-13,-15,  7,-14;
/M: SY='A';  M= 16,-10,-15,-10, -4,-26, -7,-16,-19, -1,-25,-17,-11,  1, -5, -4,  6, -3,-11,-33,-22, -5;
/M: SY='A';  M=  3,-25,-10,-27,-20,  3,-20,-17,  2,-18, -2, -1,-22,-22,-17,-19, -6, -2,  3,-17, -1,-18;
/M: SY='L';  M=-20,-40,-10,-40,-30,  0,-40,-30, 20,-30, 40, 20,-40,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,-10,-30;
/M: SY='H';  M= -6,  7,-27,  4, 10,-24,-13, 16,-26, -3,-31,-20, 11, -9,  5, -5,  3, -8,-24,-32,-12,  7;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Post-processing [info]

PROMOTED_BY

PS51313

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.

Total number of hits	12 in 12 different sequences
Number of true positive hits	12 in 12 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	VPS28 C-terminal
Version [info]	3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

12 sequences

VP281_ARATH (O65421), VP282_ARATH (Q9S9T7), VPS28_BOVIN (Q3T178),

VPS28_CAEBR (A8XWB7), VPS28_CAEEL (Q9NA26), VPS28_DICDI (Q54NF1), 
VPS28_DROME (Q9V359), VPS28_HUMAN (Q9UK41), VPS28_MOUSE (Q9D1C8), 
VPS28_RAT   (B5DEN9), VPS28_SCHPO (O13872), VPS28_YEAST (Q02767)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

3 PDB

2G3K; 2J9U; 2J9V