Entry: PS51313

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] VPS28_N
Accession [info] PS51313
Entry type [info] MATRIX
Date [info] MAY-2007 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51312
Associated ProRule [info] PRU00645

Name and characterization of the entry

Description [info] VPS28 N-terminal domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=111;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=106;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.8351934; R2=0.0125664; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=10054.42753; R2=24.78959; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=372; N_SCORE=8.5; H_SCORE=17293; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=213; N_SCORE=6.5; H_SCORE=15310; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-30; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S'; M=  3,-22,-41,-31,-15,-48,-37,-34,-38,-23,-34,-17,-12,-38,-18,-32, 14,  3,-29,-66,-52,-15;
/M: SY='K'; M=-22,-23,-62,-34,-23,-47,-48,-15,-60,  3,-59,-42, -7,-25, -2,  3, -2,-21,-53,-59,-28,-16;
/M: SY='S'; M=-12,-30,-47,-34,-41,-22,-30,-34,-43,-38,-35,-36,-29,-49,-34,-45,  3,-23,-33,-39,-22,-37;
/M: SY='N'; M=-30,  2,-53,-10,-25,-39,-43, -6,-46,-25,-48,-38, 21,-51,-12,-32,-18,-26,-38,-50,-34,-22;
/M: SY='N'; M=-29,-13,-55,-20,-26,-43,-47,-16,-40,-17,-26,-19,  1,-49,-17,-29, -8,-21,-33,-56,-44,-25;
/M:         M=-12,-30,-46,-43,-37,-41,-48,-28,-26,-27,-35,-18,-10,-30,-16,-37,-21,-24,-29,-57,-33,-30;
/M: SY='K'; M=-19,-19,-61,-30,-16,-51,-47,-31,-44,  1,-31,-28, -3,-30,-13,-22,-22,-26,-41,-71,-52,-16;
/M: SY='L'; M=-40,-73,-34,-78,-71, 13,-78,-45, -1,-58, 33, 13,-62,-69,-48,-58,-53,-40,-15,-32, -4,-61;
/M: SY='H'; M=-37,-11,-65,-13,-14,-29,-54, 21,-56,-30,-51,-38, -7,-51,-12,-31,-18,-31,-44,-38,-12,-15;
/M: SY='E'; M=-29,-10,-84, -2, 37,-73,-44,-23,-71, 12,-68,-51,-16,-44,  5, 11,-23,-33,-51,-69,-63, 25;
/M: SY='E'; M=-29, -6,-87, 10, 81,-76,-59,-16,-69,  5,-67,-46,-19,-41, 26, -6,-21,-30,-51,-76,-65, 60;
/M: SY='V'; M=-21,-63,-34,-21,-50,-33,-64,-64, 23,-48, -6,  5,-58,-58,-46,-56,-33, -6, 48,-53,-51,-49;
/M: SY='E'; M=-22,-15,-73,-12, 14,-67,-52,-29,-63,  7,-64,-46,-18,-12, -5, -6, -8,-16,-44,-70,-60,  5;
/M: SY='L'; M=-24,-57,-55,-51,-35,-26,-67,-50, -6,-21, 23,  2,-52,-55,-28,-38,-41,-32, -8,-59,-47,-32;
/M:         M=-13,-45,-47,-39,-34, -4,-53,-32,-38,-32,-37,-30,-42,-50,-30,-31,-11,-25,-30,-27,-11,-31;
/M: SY='D'; M=-20,  1,-57,  2, -8,-48,-41,-27,-58, -9,-58,-46, -1,-43,-16,-19,  1,-15,-32,-48,-47,-12;
/M: SY='N'; M=-17, -2,-42,-13,-28,-53,-39,-30,-39,-26,-40,-30, 19,-46,-25,-34,  1, 12,-24,-63,-51,-27;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='I'; M=-14,-31,-17,-34,-31, -3,-36,-28, 12,-26, -5, -5,-26,-31,-26,-30, -3,-10,  1,-28,-16,-30; D=-13;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='S'; M= -6,-15,-24,-23,-17,-25,-26, -7,-22,-17,-23, -4, -7,-23,-11,-17, 18, 13,-18,-37,-25,-15; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='S'; M= -1,-24,-53,-34,-26,-55,-39, -9,-57,-16,-58,-41,-13,  2,-17,-27,  9, -8,-46,-69,-45,-23;
/M: SY='K'; M=  0,-39,-55,-47,-27,-51,-35,-33,-42,  5,-39,-29,-29,-42, -7,  3,-15,-25,-36,-65,-50,-19;
/M: SY='E'; M=-32, -4,-78,  1, 39,-64,-54,  2,-62,  1,-58,-35, -5,-43, 17,-16,-21,-30,-47,-65,-51, 29;
/M: SY='R'; M=-26,-31,-62,-37, -5,-60,-57,-21,-63, 37,-59,-39,-19,-45, 11, 45,-25,-30,-53,-72,-52,  0;
/M: SY='E'; M=-27, -9,-74, -4, 32,-64,-52,-19,-59,  7,-52,-38,-10,-43, 20, -9,-14,-26,-44,-67,-56, 26;
/M:         M=-17,-36,-48,-22,-29,-41,-57,-32,-17,-19,-23,-20,-33,-48,-19,-34,-15,-12, -1,-55,-45,-27;
/M: SY='Y'; M=-34,-59,-47,-56,-54, -5,-74,-30, -9,-41,-13, -2,-48,-60,-36,-37,-37,-17, -8,-29, 10,-48;
/M: SY='E'; M=-37,  9,-81, 33, 59,-74,-57,-28,-58,-15,-64,-53,-16,-46,  0,-34,-23,-33,-26,-55,-67, 35;
/M: SY='S'; M=-17, -5,-46,-13,-28,-50,-29,-30,-44,-30,-52,-43,  4,-47,-28,-39,  6, -4,-29,-52,-41,-29;
/M: SY='L'; M=-40,-79,-49,-80,-69,  7,-79,-58, 16,-59, 71, 34,-69,-69,-49,-59,-58,-39, -2,-46,-35,-59;
/M: SY='A'; M= 43,-33,-27,-42,-31,-45,-21,-39,-37,-24,-35,-27,-29,-29,-23,-33, 31, -2,-25,-63,-49,-24;
/M: SY='E'; M=-31, -1,-67, 13, 33,-66,-56,-30,-45,-18,-54,-41, -9,-47, -7,-33,-17,-12,-22,-63,-61, 17;
/M: SY='L'; M=-33,-72,-40,-67,-63,-14,-77,-61, 35,-55, 39, 14,-63,-65,-50,-60,-40,-28, 16,-55,-42,-58;
/M: SY='Y'; M=-48,-64,-52,-74,-71, 55,-79,-10,-29,-52,-22,-21,-56,-68,-44,-52,-49,-47,-39,  8, 80,-61;
/M: SY='S'; M= 29,-27,-29,-36,-29,-45,-23,-36,-39,-24,-39,-29,-21,-31,-23,-33, 47,  4,-29,-65,-49,-24;
/M: SY='I'; M=-38,-79,-35,-70,-68,-16,-86,-67, 60,-59, 33, 14,-70,-69,-56,-66,-51,-30, 35,-56,-41,-65;
/M: SY='I'; M=-21,-67,-34,-55,-56,-22,-71,-60, 31,-49, 17, 13,-59,-59,-46,-56,-31,-21, 24,-55,-45,-53;
/M:         M=-25,-45,-49,-35,-40,-36,-65,-43,-13,-18,-24,-19,-36,-39,-30,-28,-27, -7, -2,-58,-36,-38;
/M: SY='A'; M= 29,-33,-31,-40,-31,-51,-32,-42,-36,-26,-43,-29,-29,-15,-27,-34, 16, 18,-17,-65,-52,-27;
/M: SY='L'; M=-38,-74,-48,-76,-66, -1,-78,-52, 15,-56, 52, 23,-63,-67,-47,-57,-52,-31, -3,-44,-25,-58;
/M: SY='E'; M=-34, 16,-82, 32, 66,-77,-51,-18,-71, -6,-71,-54,  0,-43, 16,-24,-18,-30,-42,-62,-66, 45;
/M: SY='Q'; M=-10,-38,-59,-47,-26,-36,-44, -5,-47, -3,-40,-16,-27,-44,  6,-11,-24,-30,-42,-47,-20,-14;
/M: SY='L'; M=-37,-76,-45,-62,-66, -4,-81,-56, 22,-57, 46, 14,-68,-68,-50,-60,-54,-34, 15,-43,-26,-58;
/M: SY='E'; M=-29, -2,-89, 15, 90,-78,-59,-21,-69, 10,-69,-49,-19,-39, 20,-15,-20,-30,-50,-80,-68, 63;
/M: SY='K'; M=-24,-20,-78,-32, -7,-61,-50,-22,-64, 72,-61,-41, -3,-37, 12, 45,-21,-28,-54,-77,-50, -4;
/M: SY='A'; M= 44,-34,-33,-44,-31,-49,-11,-23,-46,-25,-45,-29,-29,-29,-19,-31, 13,-13,-32,-60,-46,-22;
/M: SY='Y'; M=-45,-63,-50,-71,-69, 37,-79,-18,-18,-52,-16,-27,-55,-68,-46,-53,-45,-36,-29, -5, 61,-61;
/M: SY='I'; M=-30,-69,-38,-52,-59,-19,-77,-62, 30,-53, 29, 10,-62,-63,-49,-58,-38,-16, 27,-55,-44,-55;
/M: SY='K'; M=-18,-23,-72,-33, -8,-58,-48,-25,-61, 64,-60,-40,-11,-35,  9, 38, -5,-22,-51,-76,-50, -6;
/M: SY='D'; M=-41, 33,-70, 61,  1,-72,-33,-37,-62,-34,-68,-67, -1,-51,-27,-51,-15,-35, -5,-17,-66,-13;
/M:         M=-17,-40,-33,-40,-45,-30,-45,-32,-27,-42,-30,-20,-34,-53,-34,-47,-10,-23,-21,-43,-25,-40;
/M: SY='V'; M=-31,-76,-34,-29,-60,-23,-83,-68, 44,-57,  2,  0,-71,-66,-54,-65,-47,-23, 52,-31,-39,-59;
/M: SY='S'; M= -7, -3,-39,-15,-19,-55,-32,-30,-49,-12,-57,-38,  8,-36,-18,-25, 45, 28,-33,-67,-51,-20;
/M:         M= -7,-12,-56, -8, -9,-50,-34,-29,-57,-20,-54,-42,-20,-29, -1,-34, -6,-18,-31,-45,-49, -6;
/M: SY='E'; M=-10, -3,-60, -3, 11,-63,-39,-24,-59, 10,-60,-43, -2,-36,  8,-15,  5,-12,-38,-62,-55,  8;
/M: SY='E'; M=-24, 15,-72, 34, 37,-72,-43,-22,-68,-12,-68,-54, -7,-41, 11,-30, -7,-27,-28,-44,-62, 26;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='Y'; M=-49,-64,-54,-73,-72, 45,-81, -6,-24,-53,-27,-37,-55,-70,-45,-54,-50,-48,-38,  9, 91,-63;
/M: SY='T'; M=-12,-12,-47,-25, -8,-55,-45,-15,-46,-16,-51,-33, -1,-39,-14,-23, 11, 35,-31,-70,-47,-11;
/M: SY='S'; M= 11,-23,-42,-28,-18,-54,-34,-33,-45, -9,-51,-35,-14,-26,-17,-18, 20,  1,-30,-69,-52,-17;
/M: SY='T'; M= 15,-21,-39,-30, -4,-56,-38,-35,-42,-20,-47,-30,-20,-33,-16,-28, 14, 31,-23,-69,-54, -7;
/M: SY='C'; M=-19,-63, 78,-61,-73,-38,-68,-71,-13,-66,-38,-29,-48,-70,-60,-69,-20,-15, -9,-66,-56,-67;
/M:         M=-22,-22,-47,-24,-27,-32,-50,-32,-33,-32,-26,-26,-12,-50,-27,-40, -5,-11,-24,-51,-33,-27;
/M: SY='K'; M=-25,-25,-73,-31,-13,-56,-53,-25,-58, 43,-50,-37,-16,-42,  1, 37,-18,-27,-45,-67,-51,-10;
/M: SY='L'; M=-40,-80,-50,-80,-70,  0,-80,-60, 20,-60, 80, 30,-70,-70,-50,-60,-60,-40,  0,-50,-40,-60;
/M: SY='L'; M=-39,-79,-41,-80,-69, -9,-83,-63, 44,-59, 52, 28,-69,-69,-52,-63,-54,-34, 17,-53,-41,-63;
/M: SY='Q'; M=-14,-10,-54, -2,-13,-55,-43,-15,-44, -5,-49,-36, -2,-43,  3,-23,-11,-20,-21,-54,-46, -9;
/M: SY='Q'; M=-18,-19,-68,-22, 14,-59,-48,  1,-59, 29,-52,-25, -9,-38, 86,  2,-11,-26,-49,-56,-42, 37;
/M: SY='Y'; M=-46,-60,-54,-62,-69, 43,-74, -8,-38,-52,-34,-40,-52,-67,-43,-52,-40,-46,-45, 21, 82,-60;
/M: SY='K'; M=-23,-12,-79,-17, 20,-64,-50,-20,-62, 63,-61,-40, -4,-35, 31, 13,-19,-29,-51,-76,-52, 19;
/M: SY='S'; M=  5,-40,-30,-40,-38,-39,-45,-46,-10,-34,-23,-18,-33,-42,-33,-42, 18,  9, -3,-63,-48,-36;
/M:         M=-12,-58,-24,-65,-57,-19,-61,-46, -5,-47,  0,-11,-49,-56,-42,-51,-24,-14,-11,-49,-23,-50;
/M: SY='M'; M=-34,-63,-46,-64,-55, 10,-71,-46, -4,-33,  9, 17,-53,-58,-36,-36,-37,-31,-10,-41,-24,-48;
/M: SY='K'; M= -8,-21,-55,-32,-18,-53,-34,-29,-50, 17,-47,-33, -8,-38,  0, -6,  7, -9,-42,-70,-50,-13;
/M:         M=-26,-21,-61,-16,-23,-48,-43,-26,-49,-21,-43,-36,-16,-37, -5,-27,-14,-27,-32,-48,-40,-17;
/M:         M=-31,-38,-56,-17,-17,-32,-66,-42,-15,-24,-12,-15,-35,-55,-19,-39,-35,-27,  0,-53,-45,-19;
/M: SY='Q'; M= -9,-20,-55,-22, -5,-54,-44,  1,-50, -8,-51,-33, -9,-41, 18,-10, -1,-12,-37,-61,-41,  3;
/M:         M=-28,-20,-66, -6,-23,-54,-17,-39,-52,-28,-49,-46,-26,-55,-21,-44,-28,-38,-27,-44,-48,-22;
/I:         I=-5; MD=-11;
/M: SY='A'; M=  8, -5,-36,  5, -5,-47,-27,-30,-37,-20,-42,-34,-16,-29,-16,-30,  3, -6, -7,-37,-46, -9; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-11;
/M: SY='Q'; M=-18,-15,-51,-13, 22,-41,-39, -8,-39,  5,-34,-12,-14,-29, 28,  5,-16,-20,-31,-43,-36, 24; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-11; IM=0; DM=-11;
/M:         M= -6,-22,-23,-19,-15, -8,-28,-11,-12,-18, -9,-10,-21,-25,-14,-20, -8,-12, -8,-25,-14,-14; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-11;
/M: SY='F'; M=-28,-49,-37,-38,-52, 26,-63,-39, -9,-45,-14,-17,-50,-55,-43,-50,-28,-28, -1,-21,  1,-48; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-11;
/M: SY='S'; M=-13,-17,-50,-14,-30,-58, -2,-38,-51,-29,-55,-42, -9,-33,-23,-40,  2,-15,-34,-57,-56,-26; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-11;
/M: SY='S'; M=-18, -7,-41, -9,-24,-30,-32,-33,-45,-30,-46,-37,-12,-41,-28,-38, 17,  9,-22,-40,-38,-26; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-11;
/M: SY='I'; M=-35,-72,-37,-63,-65,  3,-79,-60, 32,-56, 25,  7,-65,-66,-53,-61,-42,-30, 18,-46,-29,-61;
/M: SY='E'; M=-32,  3,-83, 22, 50,-75,-54,-22,-71, -8,-69,-52,-16,-20, 17,-28,-21,-34,-40,-57,-65, 36;
/M: SY='Q'; M=-16, -1,-65,  5, -2,-64,-42,-21,-63,  1,-61,-47, -9,-41,  7,  0, -8,-20,-30,-45,-55,  0;
/M: SY='F'; M=-49,-71,-41,-80,-79,103,-80,-41,-17,-60,  5, -7,-70,-70,-59,-60,-51,-49,-28, -3, 35,-69;
/M:         M=  0,-58, -1,-55,-53,-26,-53,-50,-28,-36,-29, -7,-48,-52,-35,-37,-25,-26,-20,-38,-40,-44;
/M: SY='E'; M=-29,  3,-73,  2, 17,-68,-46,-16,-68, 11,-66,-48,  7,-43,  8,  9,-10,-24,-47,-63,-56, 12;
/M: SY='K'; M=-16,-12,-61,-22,-12,-59,-46,-28,-55, 30,-56,-38, -2,-38, -4,  9, -7,  3,-36,-68,-52,-12;
/M: SY='Y'; M=-51,-66,-57,-63,-73, 50,-79, -8,-38,-56,-33,-40,-58,-71,-46,-55,-53,-53,-46, 35, 90,-63;
/M: SY='N'; M=-25, -8,-69,-27,-28,-69, -4,-25,-74,  7,-69,-52, 19,-50,-14,  9,-17,-30,-67,-74,-59,-23;
/M: SY='L'; M=-26,-70,-42,-73,-60,-12,-70,-56, 17,-51, 44, 31,-59,-60,-42,-54,-39,-29,  1,-52,-43,-52;
/M: SY='N'; M=-38, 19,-69, 19,  1,-65,-43, 12,-70,-15,-67,-54, 25,-48,  2,-16,-15,-22,-42,-47,-45, -1;
/M: SY='C'; M= -2,-57, 54,-62,-65,-30,-57,-53,-28,-57,-40,-32,-45,-61,-50,-59,-20,-17,-21,-60,-44,-57;
/M: SY='P'; M=-16,-42,-72,-43,-32,-66,-54,-42,-66,-24,-67,-46,-40, 86,-25,-43,-13,-31,-56,-76,-65,-30;
/M: SY='A'; M=  9,-33,-45,-45,-33,-44,-38,-33,-37,-11,-23,-22,-18,-41,-19,-13, -9,-19,-32,-64,-48,-26;
/M: SY='A'; M= 80,-40,-20,-50,-30,-50,-10,-40,-40,-20,-40,-30,-40,-20,-20,-30, 10,-10,-20,-60,-50,-20;
/M: SY='I'; M=-36,-70,-43,-73,-59,-23,-80,-56, 33,-43, 19, 13,-58,-64,-44,-38,-45,-25, 10,-58,-43,-54;
/M: SY='K'; M=-18, -6,-67,-13, 18,-64,-46,-16,-59, 21,-60,-41,  3,-38,  5, -7,-10, -9,-46,-75,-52, 10;
/M: SY='R'; M=-30,-40,-80,-50,-20,-60,-60,-10,-70, 30,-60,-40,-20,-50,  0,100,-30,-30,-60,-70,-50,-10;
/M: SY='L'; M=-40,-80,-41,-80,-70, -9,-85,-65, 48,-60, 52, 21,-70,-70,-55,-65,-55,-35, 19,-55,-40,-65;
/M: SY='Q'; M=-16,-18,-66,-19,  9,-60,-49,-16,-54, 20,-53,-32, -8,-40, 33,  4,-16,-19,-40,-66,-50, 16;
/M: SY='E'; M=-26,-36,-60,-23,  4,-51,-64,-36,-23,-18,-31,-23,-35,-50, -9,-19,-21,-16,-14,-66,-53, -1;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='G'; M=-11,-22,-68,-28,-51,-78, 72,-55,-86,-46,-78,-68,-16,-57,-45,-57,-11,-44,-71,-65,-77,-44;
/M: SY='V'; M=-29,-61,-44,-48,-49,-22,-72,-49,  9,-32, -8, -1,-51,-58,-37,-22,-31,-22, 10,-54,-40,-44;
/M: SY='P'; M=-20,-38,-76,-36,-34,-69,-55,-47,-69,-29,-70,-52,-41, 94,-37,-48,-19,-35,-54,-73,-68,-35;
/M: SY='V'; M= -1,-32,-39,-15,-32,-46,-51,-51, -3,-38,-27,-26,-41,-48,-36,-51,-22,-23, 16,-44,-52,-34;
/M: SY='T'; M= -7,-14,-36,-32,-19,-54,-45,-35,-37,-25,-45,-26, -3,-39,-23,-28, 14, 64,-19,-71,-52,-20;
/M: SY='V'; M=-15,-59,-41,-42,-45,-35,-68,-41, 16,-29,-14,-12,-51,-54,-34,-35,-33,-22, 19,-59,-42,-42;
/M: SY='E'; M=-22, -9,-76, -3, 50,-69,-53,-22,-62, 20,-63,-42,-14,-37, 20, -9, -8,-16,-46,-76,-60, 37;
/M: SY='H'; M=-32, -5,-71,  0, -2,-53,-50, 33,-62,-16,-53,-42, -5,-47, 26,-21,-17,-32,-41,-40,-31,  6;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Post-processing [info]

PROMOTED_BY PS51310

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_09 which contains 546'439 sequence entries.


Total number of hits 12 in 12 different sequences
Number of true positive hits 12 in 12 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] VPS28 N-terminal
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
12 sequences

VP281_ARATH (O65421), VP282_ARATH (Q9S9T7), VPS28_BOVIN (Q3T178), 
VPS28_CAEBR (A8XWB7), VPS28_CAEEL (Q9NA26), VPS28_DICDI (Q54NF1), 
VPS28_DROME (Q9V359), VPS28_HUMAN (Q9UK41), VPS28_MOUSE (Q9D1C8), 
VPS28_RAT   (B5DEN9), VPS28_SCHPO (O13872), VPS28_YEAST (Q02767)
» More

PDB
[Detailed view]
4 PDB

2CAZ; 2F66; 2F6M; 2P22

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission