PROSITE entry PS51446
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | PACIFASTIN |
| Accession [info] | PS51446 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-APR-2009 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51446 |
| Associated ProRule [info] | PRU00776 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Pacifastin domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=35; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=35; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.1693327; R2=0.0095010; TEXT='NScore'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=562; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='R'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=414; N_SCORE=7.1; MODE=1; TEXT='R?'; /DEFAULT: M0=-12; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='G'; M= 1, -6,-24, -3, -1,-26, 5,-16,-21, -7,-26,-18, -8,-10, -6,-13, 3, -5,-14,-32,-23, -2; /M: M= -4,-10,-18,-11, -7,-16,-15,-15, -8, -8,-11, -7, -9,-18, -6,-12, -2, -3, -5,-27,-16, -7; /M: SY='E'; M= -5, -6,-26, -5, 8,-21,-13, -2,-19, -4,-21,-12, -5, -9, 8, -8, -2, -9,-15,-26,-12, 8; /M: SY='C'; M= 0,-30, 90,-40,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-20,-30,-30,-30,-40,-10,-10,-10,-20,-20,-40; /M: SY='T'; M= -3, -6,-20, -5, 3,-20,-14, -8,-18, -4,-19,-14, -2,-12, -3, -7, 4, 20,-11,-27,-14, 1; /M: SY='P'; M=-10,-11,-31,-11, -5,-30, -6,-15,-30,-10,-31,-26,-11, 36, -9,-17, -6,-12,-23,-34,-24, -6; /M: SY='G'; M= -5, 1,-30, 1,-12,-30, 37,-14,-36,-15,-38,-27, 3,-19,-14,-16, 2,-12,-28,-34,-28,-13; /M: SY='S'; M= 3, -3,-21, 0, 10,-26, -6,-11,-23, -2,-28,-20, -2, 0, 1, -9, 14, 3,-20,-31,-22, 7; /M: SY='T'; M= -3, -3,-21, -6, -3,-24,-14,-10,-18, 2,-21,-16, 5,-14, -1, 7, 10, 14,-14,-32,-20, -3; /I: I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; /M: SY='W'; M=-22,-30,-21,-38,-23, 18,-29,-13,-12,-17,-13,-12,-29,-33,-18,-22,-21,-22,-17, 42, 20,-22; /M: SY='K'; M=-10, -9,-29,-16, 0,-20,-22, -7,-24, 22,-20,-13, -5,-10, 5, 17, -6, -7,-18,-25,-13, 1; /M: SY='E'; M= -9, -2,-25, 0, 6,-18,-20, -7,-15, 1,-18,-12, -5,-17, 2, -7, -4, -9,-13,-26, -9, 4; /I: I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='D'; M=-12, 12,-35, 20, 10,-30, 6, -8,-32, -5,-35,-25, 0,-18, 0,-13, -1,-14,-27,-34,-21, 5; /M: SY='C'; M= 0,-30, 90,-40,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-20,-30,-30,-30,-40,-10,-10,-10,-20,-20,-40; /M: SY='N'; M=-19, 28,-30, 9, 1,-30,-11, 9,-30, 4,-39,-20, 56,-19, 1, 1, 9, -1,-29,-39,-20, 1; /M: SY='W'; M=-13,-15,-20,-16,-12, -8,-22,-15,-14,-15,-15,-10,-14,-24, -8,-15, -7, 0,-15, 8, -6,-13; /M: SY='C'; M= 0,-30, 90,-40,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-20,-30,-30,-30,-40,-10,-10,-10,-20,-20,-40; /M: SY='T'; M= -5,-12,-20,-16, -8,-10,-19,-11,-13, -2,-14,-10, -5,-17, -3, 1, 3, 10,-10,-23,-11, -7; /M: SY='C'; M= 0,-30, 90,-40,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-20,-30,-30,-30,-40,-10,-10,-10,-20,-20,-40; /M: SY='T'; M= 1, -7,-17, -9, -7,-21,-13,-15,-10, -5,-16,-11, -3,-15, -6, -9, 5, 6, -5,-31,-19, -6; /M: SY='N'; M= -7, 11,-26, 5, 4,-28,-12, -1,-26, 5,-32,-20, 18, -9, 1, -3, 7, -1,-22,-36,-20, 3; /M: SY='G'; M= -6, 0,-27, -1,-10,-27, 21,-11,-29,-15,-31,-22, 1,-19,-12,-15, 0, -8,-23,-33,-24,-12; /I: I=-13; MD=-27; /M: SY='G'; M= -1, -8,-18, -8,-13,-17, 31,-13,-21,-13,-20,-16, -8,-13,-13,-13, -2,-12,-16,-18,-18,-13; D=-13; /I: I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; /M: M= -3,-18,-15,-21,-14,-10,-23,-13, 0,-10, -4, -5,-14,-20,-11, -8, -3, 0, 0,-24,-11,-14; /M: SY='G'; M= 9,-19,-18,-21,-15,-19, 11,-16,-22,-14,-25,-17,-17,-12,-13,-12, -3,-12,-16,-16,-15,-15; /M: SY='A'; M= 5,-17,-11,-18,-13,-13,-13,-18, -3,-13, -9, -3,-13,-18, -8,-16, 4, 0, -2,-19,-15,-12; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='C'; M= 0,-30, 90,-40,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-20,-30,-30,-30,-40,-10,-10,-10,-20,-20,-40; /M: SY='T'; M= 1, -9,-10, -9, -9,-20,-19,-19,-11, -9,-11,-11, 1,-10, -9,-10, 12, 48, -1,-30,-20, -9; /M: SY='R'; M=-11,-20,-24,-22, -9,-14,-27,-13, -6, -4, 2, 3,-15,-22, -3, 7,-14, -3, -6,-24,-11, -9; /M: SY='K'; M= -8,-10,-26,-15, 1,-21,-23,-13,-15, 22,-14, -3, -8,-16, 4, 8, -6,-10,-10,-27,-17, 0; /M: SY='A'; M= 5,-18,-18,-20,-12, -8, -4,-14,-15,-11,-15,-11,-17,-20,-11, -6, -3,-10,-12,-21, -9,-12; /M: SY='C'; M= 0,-30, 90,-40,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-20,-30,-30,-30,-40,-10,-10,-10,-20,-20,-40; /M: SY='P'; M=-13,-12,-25, -9,-10,-15,-24,-15,-10,-15,-12,-13,-16, 3,-11,-17,-11, -7, -9,-27,-12,-11; /M: SY='P'; M= -8, -7,-27, -8, -2,-29,-13,-11,-25, 0,-26,-21, -5, 14, -1, -6, -1, -3,-18,-32,-21, -2; /M: M= -9, -9,-23,-10,-10,-20, -9,-14,-14, -9,-15,-11, -7,-20, -5, -7, -4, -5,-11,-24,-18, -9; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 19 in 10 different sequences |
| Number of true positive hits | 19 in 10 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 1 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 95.00 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 3 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | Pacifastin |
| Version [info] | 2 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
10 sequences
CVP4_PIMHY (Q8T0W2), LCM_LOCMI (P80060), MSPI2_MELSA (B3A0N9), PI10A_PLARH (A0A6B9KZ89), PI11A_PLARH (A0A6B9KZ79), PI12A_PLARH (A0A6B9L3M7), PI21_PLARH (A0A6B9KZ59), PISP_NASVI (A0A7M6UNN1), SGP1_SCHGR (O46162), SGP3_SCHGR (O46163)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
1 sequence
MSPI1_MELSA (B3A0N8) |
| PDB [Detailed view] |
12 PDB
1GL0; 1GL1; 1KGM; 1KIO; 1KJ0; 1PMC; 2F91; 2XTT; 3TVJ; 4DJZ; 7SGQ; 7SLT |