PROSITE entry PS51351
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | TFIIE_BETA_C |
| Accession [info] | PS51351 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-DEC-2007 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51351 |
| Associated ProRule [info] | PRU00682 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | TFIIE beta central core DNA-binding domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=77; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=72; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-0.5422181; R2=0.0149058; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5198.2871094; R2=2.4616542; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=607; H_SCORE=6693; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=473; H_SCORE=6363; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-5; D=-30; I=-30; B1=-500; E1=-500; MI=-50; MD=-50; IM=-50; DM=-50; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-50; BD=-50; /M: SY='A'; M= 12, -5,-28, 2, 0,-18, -8,-11,-14, 2,-14, -8, -9, 5, 9, 5, 6, 2, -7,-27,-16, -1; /M: SY='T'; M= 8, -2,-18, -3, -7, -8,-14,-18, 8, -5, 1, 1, -1,-17,-10,-14, 4, 10, 10,-35, -9, -9; /M: SY='N'; M= 3, 9,-19, 3, 1,-22, -7, 0,-12, -2,-14, -7, 18, -8, 7,-11, 8, 10,-16,-39,-20, 3; /M: SY='G'; M= -3, -5,-33, -9, -8,-28, 32, -6,-16, -3,-21,-18, -3, 14, -4, -7, -1,-11,-29,-11,-23, -9; /I: I=-7; MD=-12; /M: SY='I'; M= 6,-10,-15,-17,-13, 1,-11,-10, 18, -5, 10, 11, -3,-19, -9,-12, -5, 4, 15,-22, -5,-13; D=-7; /I: I=-7; MD=-12; /M: SY='N'; M= -2, 15,-14, 15, 0, -5, -6,-11,-10, 5, -7, -4, 16, -9, -6, -5, -1, -3,-10,-23, -8, -4; D=-7; /I: I=-7; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12; /M: SY='I'; M= 0, -4,-12, -8,-10, 0, 1,-14, 10, -6, 5, 3, -3,-15,-13,-10, -6, -1, 5,-14, 0,-11; D=-7; /I: I=-7; DM=-12; /M: SY='T'; M= 3, -6,-21, -3, -9, -9,-18,-16, -2, -5, -4, -8, -8,-14, -5, -1, 8, 10, 8,-24, -1, -9; /M: SY='G'; M= 6, 5,-29, -3, -6,-20, 30,-20,-10, 1,-19, -9, 11,-10, -5,-10, 7, -4,-21,-19,-27, -7; /M: SY='S'; M= 4, -2,-18, -4, -4,-14, -8,-14,-10, 1, -9, -2, 2, -8, 3, 1, 10, 9, -6,-28,-13, -3; /M: SY='H'; M= -9, -2,-33, -3, 1,-24,-20, 49,-16, -5,-10, 3, 5, 7, -1,-13, -3, -2,-20,-41, -7, 0; /M: SY='V'; M= 7, -3,-21, -4,-10, -5,-12,-16, 8, -6, 6, 7, -2,-19, -6, -9, -4, 4, 10,-31, -5,-10; /M: SY='F'; M= 1,-11,-24,-18,-16, 22,-14,-15, 5, -6, 8, 0, -3,-25,-13,-12, 0, 0, 6,-20, 2,-17; /M: SY='T'; M= 10, -4,-26, -7,-14,-13,-10,-18, -1, -7, -3, -4, 0, -8, -4,-19, 16, 28, 7,-34, -8,-11; /M: SY='Q'; M= 6,-10,-25, -8, 5,-15,-18,-11,-10, 5,-11, 0,-10, -5, 32, 16, -5, 1, -9,-16, -3, 13; /M: SY='I'; M= -1,-17,-14,-23,-17, 10,-21,-13, 26,-13, 22, 14,-12,-31,-13,-13,-15, 1, 19,-22, 10,-16; /M: SY='M'; M= 5, -7,-24,-10, -5,-11,-17, 10, 0, -3, 3, 15, -5, -9, -4,-12, -1, 8, 1,-37, -5, -5; /M: SY='Y'; M=-15,-15,-35,-15,-10, 7,-17, 4, -1, -3, 5, 4,-11,-14, -9, -7,-10, -9, -1, 1, 20,-11; /M: SY='A'; M= 22, -8,-25,-13,-11,-11,-11,-20, 17, -8, -1, 6, -4,-18, 1,-12, 1, 10, 20,-39,-20, -9; /M: SY='I'; M= 4,-17,-18,-26,-27, 3,-20,-23, 42,-19, 15, 6, -8,-30,-22,-21, -7, 10, 38,-32, 1,-26; /M: SY='E'; M= 3, 15, -9, 25, 30,-33,-12, -9,-24, 12,-13,-10, 7, -2, 6,-10, 3, -9,-22,-28,-21, 22; /M: SY='Y'; M=-25,-23,-38,-18,-15, 21,-23, 6, -7, -9, 15, -2,-25,-17,-11, -7,-13, -9, 0, 20, 44,-15; /M: SY='L'; M= -2,-14,-11,-20,-14, 4,-16, -5, 24, -9, 26, 24, -9,-31,-17,-17,-13, 2, 12,-25, 8,-14; /M: SY='K'; M= -1, -8,-24, -8, 12, -7,-16,-13,-18, 24,-13, 11, -5, -2, 12, 18, -5,-12,-17,-14, -6, 10; /M: SY='K'; M= 6, 5,-22, 5, 11,-22, -5,-15,-16, 12,-15, 0, 5, 0, 9, -3, 5, 2,-16,-27,-17, 9; /M: SY='R'; M= -3,-11,-27,-10, 2,-15,-17, 4,-15, 11,-14, 8, -8, -1, 17, 25, -5,-11,-13,-19, -6, 5; /I: I=-7; MI=0; MD=-11; IM=0; DM=-11; /M: SY='D'; M= 1, 13,-26, 20, -6,-19, -1,-18,-18, -2,-11,-13, 8,-14, 0, 3, -2, -7,-12,-26,-13, -6; /M: SY='W'; M= -9,-15,-15,-10, 15,-13,-11, -8,-21, 6,-13, -7,-19, -6, 11, 9, -8,-21,-19, 19, 0, 13; /M: SY='P'; M= -7,-19,-26,-10, 10,-33,-10, 1,-24, 7,-24,-31,-28, 77, 0, -9, -9, -4,-31,-14,-15, 2; /M: SY='L'; M= -3, -8,-13, -6, -9, 3,-19,-13, 12, -6, 18, 14,-13,-25,-14, -6,-13, -2, 10,-23, 12,-11; /M: SY='T'; M= 8, -4,-21, -7, -9,-19,-13,-12, -6, -4, -8, -9, -2, 15, -2,-20, 16, 29, -3,-41,-14, -7; /M: SY='F'; M= -5,-15,-23,-25,-24, 36,-20,-20, 14,-12, 16, -1, -6,-31,-19,-14, -9, -4, 15,-15, 13,-24; /M: SY='D'; M= 0, 15,-16, 28, 15,-22,-14,-12,-22, 2, -7,-16, 2, -9, 6, -6, 1, -7,-18,-25, -9, 10; /M: SY='E'; M= -3, 4, -5, 14, 37,-33,-15, -8,-28, 12,-13,-12, -7, 1, 19, -3, -4,-16,-28, -1,-12, 32; /M: SY='I'; M= -2,-18,-16,-34,-26, 4,-12,-18, 53,-20, 24, 12, -4,-30,-20,-28,-12, 0, 34,-28, -3,-26; /M: SY='Q'; M= 0, -7,-11, -8, 2, -6,-17, -7, -2, -1, 6, 11, -7,-17, 12, 6,-11, -4, -7,-21, 2, 6; /M: SY='D'; M= 3, 22,-20, 35, 7,-29, -3,-15,-19, 0,-12,-19, 10,-12, -8,-12, 8, -2,-14,-33,-17, 0; /I: I=-7; MD=-12; /M: SY='F'; M= -6, -9,-20, -9, 1, 9,-14, 1, -9, 3, 1, -1, -8, -6, -2, -3, -4, -8, -5, -3, 9, -1; D=-7; /I: I=-7; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12; /M: SY='Y'; M=-11,-16,-29,-15,-19, 13,-25, -5, 5,-14, 18, 1,-16,-19,-13,-15, -6, 10, 13,-11, 30,-17; /I: I=-9; MD=-15; /M: SY='D'; M= -6, 2,-26, 11, -1,-16, -5, 9,-17, 0, -8, -5, -5, -4, -1, 5, -1,-10,-13,-13, 0, -3; D=-9; /I: I=-9; MI=-15; IM=-15; DM=-15; /M: SY='I'; M= -7,-19,-15,-23,-17, 13,-18,-18, 20,-16, 16, 1,-19,-20,-15,-14,-15, -3, 15, -6, 14,-16; /M: SY='G'; M= 3, 8,-26, 10, -1,-24, 16, -5,-16, -3,-17,-17, 5, -9,-10,-13, 15, -1,-20,-24,-21, -7; /M: SY='L'; M= -6, -9, -5, -9, -3, -9,-18, -3, -3, -5, 3, -1,-10, -1, -6,-11, -7, -1, -8,-26, -5, -5; /M: SY='P'; M= -3, 7,-27, 12, 5,-26,-11, 12,-22, 4,-19,-11, 5, 14, 1, -1, 1, -4,-23,-36,-15, 0; /M: SY='Q'; M= 0, -3,-26, -2, 1,-13, -7,-12, -7, 3, -9, -6, -4, -2, 5, -1, -2, -1,-11,-19, -5, 0; /M: SY='N'; M= 5, 9,-23, 8, -1,-18, -3,-16,-12, 4,-11, -1, 10, -9, 3, -3, 3, 3,-11,-32,-16, -1; /M: SY='E'; M= 0, 0,-22, 8, 16,-23,-13, -6,-20, 7,-11,-12, -6, 10, 11, -3, -1, -4,-18,-19, -7, 12; /M: SY='W'; M= -3,-15,-15,-17, -1, 3,-14,-17, -2, -3, 3, -1,-15,-18, -3, -8, -6, -6, -2, 5, 4, -2; /M: SY='L'; M= -8,-16,-12,-20,-19, 26,-23, -9, 21,-18, 27, 10,-17,-31,-22,-17,-15, -2, 17,-20, 22,-19; /I: I=-7; MD=-12; /M: SY='I'; M= 3,-12,-14,-15, -8, 3,-15,-12, 10, -6, 8, 6, -9,-19, -2, -3, -8, -2, 10,-18, 0, -6; D=-7; /I: I=-7; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12; /M: SY='E'; M= -2, 1, -9, 8, 27,-32,-15, -2,-26, 11,-17,-14, -3, 16, 20, 5, -4,-11,-27,-21,-18, 24; /M: SY='I'; M= 10, -9,-18,-12, -9, -5, -9,-13, 12, -6, 5, 8, -6,-20, -6, -9, 3, 5, 10,-31,-11,-11; /M: SY='L'; M= -8,-12, -4,-15, -9, 18,-20, -9, 17,-14, 32, 17,-16,-29,-17,-18,-17, -3, 9,-18, 21,-10; /M: SY='K'; M= 0, -6,-27, -4, 11,-12,-12,-15,-18, 26,-19, 8, -6, 9, 6, 17, 0, -8,-16,-19, -9, 6; /M: SY='N'; M= 2, 10,-18, 7, 5,-18, -4,-13,-16, 10,-17, -2, 17,-10, 4, 7, 1, -7,-17,-31,-21, 3; /M: SY='N'; M= -5, 7,-20, -7,-10,-10, -7, 19, 3, -9, -1, 10, 25,-19,-10,-18, -6, 2,-11,-46,-13,-10; /M: SY='P'; M= -2, 11,-21, 24, 13,-36,-10, -5,-27, 7,-18,-22, 0, 29, 2, -5, -3, -6,-25,-33,-19, 7; /M: SY='R'; M= -4,-10,-22, -5, 8,-13,-16,-13,-26, 22,-19, 7,-11, 0, 20, 44, -5,-20,-16, -9, -6, 9; /M: SY='I'; M= 1,-19,-18,-29,-27, 11,-20,-21, 42,-18, 19, 8,-10,-35,-24,-19,-12, 2, 36,-26, 5,-27; /M: SY='Q'; M= 1, -7,-21, -3, 10,-19,-17, 3,-10, 6, -6, 3, -8, -7, 12, 5, -4, -8, -9,-19, -6, 10; /M: SY='W'; M=-23,-31,-34,-32,-24, 45,-19,-23, -6,-10, 12,-11,-28,-31,-17, -5,-16,-19, 3, 49, 40,-24; /I: I=-5; MD=-8; /M: SY='D'; M= 0, 22,-14, 25, -3,-18, -4,-11, -4, -3, -5, -8, 22,-14, -8,-12, -1, -1, -6,-33,-14, -6; D=-5; /I: I=-5; MD=-8; /M: SY='P'; M= 5, -6,-18, -2, 8,-19, -5, -3,-13, 7,-14,-10, -9, 31, 2, -5, 2, 1,-14,-22,-17, 3; D=-5; /I: I=-5; MI=0; MD=-8; IM=0; DM=-8; /M: SY='A'; M= 8, -4,-22, -2, 2,-16,-10,-18, -2, 4, -7, 1, -5, -9, 2, -2, -1, -1, 1,-25,-13, 1; /M: SY='N'; M= 1, 14,-23, 15, 7,-22, -2, -4,-17, 7,-17, -6, 16, -7, -2, -7, 7, -2,-20,-34,-19, 1; /M: SY='G'; M= -1, 8,-24, 3, -4,-25, 30,-18,-15, -1,-18,-13, 12,-11, -6, -5, 1,-13,-24,-14,-25, -5; /M: SY='T'; M= 5, -3,-20, -9,-12,-10,-14,-20, 2, -3, 2, 6, 1, -6, -6,-19, 7, 25, 6,-36, -3, -8; /M: SY='F'; M=-21,-27,-29,-38,-32, 76,-28,-22, 2,-12, 25,-12,-16,-36,-26,-10,-13,-15, 10, 10, 38,-32; /M: SY='Q'; M= 9, -5,-16, -4, 9,-18,-14,-10,-11, 8, -7, 6, -5, -6, 11, 3, 3, 1, -8,-26,-14, 9; /M: SY='Y'; M=-30,-29,-48,-26,-24, 47,-30, 8, -8,-11, 21,-10,-25,-23,-16, -5,-15,-15, 5, 23, 57,-24; /M: SY='R'; M= -2,-12,-22,-11, -4, -6,-16,-15, -6, 12, -8, 10,-10,-11, 3, 25, -5,-11, -1,-16, -3, -4; /M: SY='P'; M= -1,-14,-28, -7, 7,-31, -7, 3,-23, 7,-26,-31,-20, 72, -2,-10, 4, 6,-29,-32,-22, -2; /M: SY='K'; M= -2, -7,-20, -8, 9,-10,-13,-13, -5, 15, -5, 8, -7, 10, -4, -6, -5, -3, -9,-23, -5, 3; /M: SY='Y'; M=-24,-23,-42,-17,-16, 14,-27, 27, 0,-15, 19, 3,-25,-17,-12, -8,-16, -9, 5, 3, 45,-16; /M: SY='D'; M= -1, 21,-26, 22, -2,-27, 3, -6,-17, 0,-16,-12, 21, -3, -9,-14, 3, 0,-20,-40,-21, -6; /M: SY='I'; M= 2,-17,-19,-27,-27, 4,-12,-23, 43,-19, 16, 6, -9,-32,-23,-21,-11, 2, 34,-26, 0,-27; /M: SY='R'; M= -6,-11,-22, -9, -7, -9,-19, 4,-14, 3,-10, 6, -7,-10, 9, 31, -7,-12, -7,-21, -2, -3; /I: E1=0; IE=-50; DE=-50;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 7 in 7 different sequences |
| Number of true positive hits | 7 in 7 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Feature key [info] | DNA_BIND |
| Feature description [info] | TFIIE beta |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
7 sequences
T2EB_BOVIN (Q2KJF9), T2EB_DICDI (Q54KJ8), T2EB_HUMAN (P29084), T2EB_MOUSE (Q9D902), T2EB_SCHPO (P79011), T2EB_XENLA (P29540), T2EB_YEAST (P36145)» more
|
| PDB [Detailed view] |
61 PDB
1D8J; 1D8K; 5FMF; 5FYW; 5FZ5; 5IY6; 5IY7; 5IY8; 5IY9; 5IYA; 5IYB; 5IYC; 5IYD; 5OQJ; 5OQM; 5SVA; 6GYL; 6GYM; 6O9L; 7EG9; 7EGA; 7EGB; 7EGC; 7ENA; 7ENC; 7LBM; 7ML0; 7ML1; 7ML2; 7ML4; 7NVR; 7NVS; 7NVT; 7NVU; 7NVY; 7NVZ; 7NW0; 7O4I; 7O4J; 7O4K; 7O4L; 7O72; 7O73; 7O75; 7ZS9; 7ZSA; 7ZSB; 8BVW; 8BYQ; 8CEN; 8CEO; 8GXQ; 8GXS; 8WAK; 8WAL; 8WAN; 8WAO; 8WAP; 8WAQ; 8WAR; 8WAS » more |