PROSITE entry PS51351

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	TFIIE_BETA_C
Accession [info]	PS51351
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2007 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51351
Associated ProRule [info]	PRU00682

Name and characterization of the entry

Description [info]

TFIIE beta central core DNA-binding domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=77;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=72;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-0.5422181; R2=0.0149058; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5198.2871094; R2=2.4616542; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=607; H_SCORE=6693; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=473; H_SCORE=6363; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-5; D=-30; I=-30; B1=-500; E1=-500; MI=-50; MD=-50; IM=-50; DM=-50;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-50; BD=-50;
/M: SY='A';  M= 12, -5,-28,  2,  0,-18, -8,-11,-14,  2,-14, -8, -9,  5,  9,  5,  6,  2, -7,-27,-16, -1;
/M: SY='T';  M=  8, -2,-18, -3, -7, -8,-14,-18,  8, -5,  1,  1, -1,-17,-10,-14,  4, 10, 10,-35, -9, -9;
/M: SY='N';  M=  3,  9,-19,  3,  1,-22, -7,  0,-12, -2,-14, -7, 18, -8,  7,-11,  8, 10,-16,-39,-20,  3;
/M: SY='G';  M= -3, -5,-33, -9, -8,-28, 32, -6,-16, -3,-21,-18, -3, 14, -4, -7, -1,-11,-29,-11,-23, -9;
/I:         I=-7; MD=-12;
/M: SY='I';  M=  6,-10,-15,-17,-13,  1,-11,-10, 18, -5, 10, 11, -3,-19, -9,-12, -5,  4, 15,-22, -5,-13; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-12;
/M: SY='N';  M= -2, 15,-14, 15,  0, -5, -6,-11,-10,  5, -7, -4, 16, -9, -6, -5, -1, -3,-10,-23, -8, -4; D=-7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M: SY='I';  M=  0, -4,-12, -8,-10,  0,  1,-14, 10, -6,  5,  3, -3,-15,-13,-10, -6, -1,  5,-14,  0,-11; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-12;
/M: SY='T';  M=  3, -6,-21, -3, -9, -9,-18,-16, -2, -5, -4, -8, -8,-14, -5, -1,  8, 10,  8,-24, -1, -9;
/M: SY='G';  M=  6,  5,-29, -3, -6,-20, 30,-20,-10,  1,-19, -9, 11,-10, -5,-10,  7, -4,-21,-19,-27, -7;
/M: SY='S';  M=  4, -2,-18, -4, -4,-14, -8,-14,-10,  1, -9, -2,  2, -8,  3,  1, 10,  9, -6,-28,-13, -3;
/M: SY='H';  M= -9, -2,-33, -3,  1,-24,-20, 49,-16, -5,-10,  3,  5,  7, -1,-13, -3, -2,-20,-41, -7,  0;
/M: SY='V';  M=  7, -3,-21, -4,-10, -5,-12,-16,  8, -6,  6,  7, -2,-19, -6, -9, -4,  4, 10,-31, -5,-10;
/M: SY='F';  M=  1,-11,-24,-18,-16, 22,-14,-15,  5, -6,  8,  0, -3,-25,-13,-12,  0,  0,  6,-20,  2,-17;
/M: SY='T';  M= 10, -4,-26, -7,-14,-13,-10,-18, -1, -7, -3, -4,  0, -8, -4,-19, 16, 28,  7,-34, -8,-11;
/M: SY='Q';  M=  6,-10,-25, -8,  5,-15,-18,-11,-10,  5,-11,  0,-10, -5, 32, 16, -5,  1, -9,-16, -3, 13;
/M: SY='I';  M= -1,-17,-14,-23,-17, 10,-21,-13, 26,-13, 22, 14,-12,-31,-13,-13,-15,  1, 19,-22, 10,-16;
/M: SY='M';  M=  5, -7,-24,-10, -5,-11,-17, 10,  0, -3,  3, 15, -5, -9, -4,-12, -1,  8,  1,-37, -5, -5;
/M: SY='Y';  M=-15,-15,-35,-15,-10,  7,-17,  4, -1, -3,  5,  4,-11,-14, -9, -7,-10, -9, -1,  1, 20,-11;
/M: SY='A';  M= 22, -8,-25,-13,-11,-11,-11,-20, 17, -8, -1,  6, -4,-18,  1,-12,  1, 10, 20,-39,-20, -9;
/M: SY='I';  M=  4,-17,-18,-26,-27,  3,-20,-23, 42,-19, 15,  6, -8,-30,-22,-21, -7, 10, 38,-32,  1,-26;
/M: SY='E';  M=  3, 15, -9, 25, 30,-33,-12, -9,-24, 12,-13,-10,  7, -2,  6,-10,  3, -9,-22,-28,-21, 22;
/M: SY='Y';  M=-25,-23,-38,-18,-15, 21,-23,  6, -7, -9, 15, -2,-25,-17,-11, -7,-13, -9,  0, 20, 44,-15;
/M: SY='L';  M= -2,-14,-11,-20,-14,  4,-16, -5, 24, -9, 26, 24, -9,-31,-17,-17,-13,  2, 12,-25,  8,-14;
/M: SY='K';  M= -1, -8,-24, -8, 12, -7,-16,-13,-18, 24,-13, 11, -5, -2, 12, 18, -5,-12,-17,-14, -6, 10;
/M: SY='K';  M=  6,  5,-22,  5, 11,-22, -5,-15,-16, 12,-15,  0,  5,  0,  9, -3,  5,  2,-16,-27,-17,  9;
/M: SY='R';  M= -3,-11,-27,-10,  2,-15,-17,  4,-15, 11,-14,  8, -8, -1, 17, 25, -5,-11,-13,-19, -6,  5;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-11; IM=0; DM=-11;
/M: SY='D';  M=  1, 13,-26, 20, -6,-19, -1,-18,-18, -2,-11,-13,  8,-14,  0,  3, -2, -7,-12,-26,-13, -6;
/M: SY='W';  M= -9,-15,-15,-10, 15,-13,-11, -8,-21,  6,-13, -7,-19, -6, 11,  9, -8,-21,-19, 19,  0, 13;
/M: SY='P';  M= -7,-19,-26,-10, 10,-33,-10,  1,-24,  7,-24,-31,-28, 77,  0, -9, -9, -4,-31,-14,-15,  2;
/M: SY='L';  M= -3, -8,-13, -6, -9,  3,-19,-13, 12, -6, 18, 14,-13,-25,-14, -6,-13, -2, 10,-23, 12,-11;
/M: SY='T';  M=  8, -4,-21, -7, -9,-19,-13,-12, -6, -4, -8, -9, -2, 15, -2,-20, 16, 29, -3,-41,-14, -7;
/M: SY='F';  M= -5,-15,-23,-25,-24, 36,-20,-20, 14,-12, 16, -1, -6,-31,-19,-14, -9, -4, 15,-15, 13,-24;
/M: SY='D';  M=  0, 15,-16, 28, 15,-22,-14,-12,-22,  2, -7,-16,  2, -9,  6, -6,  1, -7,-18,-25, -9, 10;
/M: SY='E';  M= -3,  4, -5, 14, 37,-33,-15, -8,-28, 12,-13,-12, -7,  1, 19, -3, -4,-16,-28, -1,-12, 32;
/M: SY='I';  M= -2,-18,-16,-34,-26,  4,-12,-18, 53,-20, 24, 12, -4,-30,-20,-28,-12,  0, 34,-28, -3,-26;
/M: SY='Q';  M=  0, -7,-11, -8,  2, -6,-17, -7, -2, -1,  6, 11, -7,-17, 12,  6,-11, -4, -7,-21,  2,  6;
/M: SY='D';  M=  3, 22,-20, 35,  7,-29, -3,-15,-19,  0,-12,-19, 10,-12, -8,-12,  8, -2,-14,-33,-17,  0;
/I:         I=-7; MD=-12;
/M: SY='F';  M= -6, -9,-20, -9,  1,  9,-14,  1, -9,  3,  1, -1, -8, -6, -2, -3, -4, -8, -5, -3,  9, -1; D=-7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M: SY='Y';  M=-11,-16,-29,-15,-19, 13,-25, -5,  5,-14, 18,  1,-16,-19,-13,-15, -6, 10, 13,-11, 30,-17;
/I:         I=-9; MD=-15;
/M: SY='D';  M= -6,  2,-26, 11, -1,-16, -5,  9,-17,  0, -8, -5, -5, -4, -1,  5, -1,-10,-13,-13,  0, -3; D=-9;
/I:         I=-9; MI=-15; IM=-15; DM=-15;
/M: SY='I';  M= -7,-19,-15,-23,-17, 13,-18,-18, 20,-16, 16,  1,-19,-20,-15,-14,-15, -3, 15, -6, 14,-16;
/M: SY='G';  M=  3,  8,-26, 10, -1,-24, 16, -5,-16, -3,-17,-17,  5, -9,-10,-13, 15, -1,-20,-24,-21, -7;
/M: SY='L';  M= -6, -9, -5, -9, -3, -9,-18, -3, -3, -5,  3, -1,-10, -1, -6,-11, -7, -1, -8,-26, -5, -5;
/M: SY='P';  M= -3,  7,-27, 12,  5,-26,-11, 12,-22,  4,-19,-11,  5, 14,  1, -1,  1, -4,-23,-36,-15,  0;
/M: SY='Q';  M=  0, -3,-26, -2,  1,-13, -7,-12, -7,  3, -9, -6, -4, -2,  5, -1, -2, -1,-11,-19, -5,  0;
/M: SY='N';  M=  5,  9,-23,  8, -1,-18, -3,-16,-12,  4,-11, -1, 10, -9,  3, -3,  3,  3,-11,-32,-16, -1;
/M: SY='E';  M=  0,  0,-22,  8, 16,-23,-13, -6,-20,  7,-11,-12, -6, 10, 11, -3, -1, -4,-18,-19, -7, 12;
/M: SY='W';  M= -3,-15,-15,-17, -1,  3,-14,-17, -2, -3,  3, -1,-15,-18, -3, -8, -6, -6, -2,  5,  4, -2;
/M: SY='L';  M= -8,-16,-12,-20,-19, 26,-23, -9, 21,-18, 27, 10,-17,-31,-22,-17,-15, -2, 17,-20, 22,-19;
/I:         I=-7; MD=-12;
/M: SY='I';  M=  3,-12,-14,-15, -8,  3,-15,-12, 10, -6,  8,  6, -9,-19, -2, -3, -8, -2, 10,-18,  0, -6; D=-7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M: SY='E';  M= -2,  1, -9,  8, 27,-32,-15, -2,-26, 11,-17,-14, -3, 16, 20,  5, -4,-11,-27,-21,-18, 24;
/M: SY='I';  M= 10, -9,-18,-12, -9, -5, -9,-13, 12, -6,  5,  8, -6,-20, -6, -9,  3,  5, 10,-31,-11,-11;
/M: SY='L';  M= -8,-12, -4,-15, -9, 18,-20, -9, 17,-14, 32, 17,-16,-29,-17,-18,-17, -3,  9,-18, 21,-10;
/M: SY='K';  M=  0, -6,-27, -4, 11,-12,-12,-15,-18, 26,-19,  8, -6,  9,  6, 17,  0, -8,-16,-19, -9,  6;
/M: SY='N';  M=  2, 10,-18,  7,  5,-18, -4,-13,-16, 10,-17, -2, 17,-10,  4,  7,  1, -7,-17,-31,-21,  3;
/M: SY='N';  M= -5,  7,-20, -7,-10,-10, -7, 19,  3, -9, -1, 10, 25,-19,-10,-18, -6,  2,-11,-46,-13,-10;
/M: SY='P';  M= -2, 11,-21, 24, 13,-36,-10, -5,-27,  7,-18,-22,  0, 29,  2, -5, -3, -6,-25,-33,-19,  7;
/M: SY='R';  M= -4,-10,-22, -5,  8,-13,-16,-13,-26, 22,-19,  7,-11,  0, 20, 44, -5,-20,-16, -9, -6,  9;
/M: SY='I';  M=  1,-19,-18,-29,-27, 11,-20,-21, 42,-18, 19,  8,-10,-35,-24,-19,-12,  2, 36,-26,  5,-27;
/M: SY='Q';  M=  1, -7,-21, -3, 10,-19,-17,  3,-10,  6, -6,  3, -8, -7, 12,  5, -4, -8, -9,-19, -6, 10;
/M: SY='W';  M=-23,-31,-34,-32,-24, 45,-19,-23, -6,-10, 12,-11,-28,-31,-17, -5,-16,-19,  3, 49, 40,-24;
/I:         I=-5; MD=-8;
/M: SY='D';  M=  0, 22,-14, 25, -3,-18, -4,-11, -4, -3, -5, -8, 22,-14, -8,-12, -1, -1, -6,-33,-14, -6; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-8;
/M: SY='P';  M=  5, -6,-18, -2,  8,-19, -5, -3,-13,  7,-14,-10, -9, 31,  2, -5,  2,  1,-14,-22,-17,  3; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-8; IM=0; DM=-8;
/M: SY='A';  M=  8, -4,-22, -2,  2,-16,-10,-18, -2,  4, -7,  1, -5, -9,  2, -2, -1, -1,  1,-25,-13,  1;
/M: SY='N';  M=  1, 14,-23, 15,  7,-22, -2, -4,-17,  7,-17, -6, 16, -7, -2, -7,  7, -2,-20,-34,-19,  1;
/M: SY='G';  M= -1,  8,-24,  3, -4,-25, 30,-18,-15, -1,-18,-13, 12,-11, -6, -5,  1,-13,-24,-14,-25, -5;
/M: SY='T';  M=  5, -3,-20, -9,-12,-10,-14,-20,  2, -3,  2,  6,  1, -6, -6,-19,  7, 25,  6,-36, -3, -8;
/M: SY='F';  M=-21,-27,-29,-38,-32, 76,-28,-22,  2,-12, 25,-12,-16,-36,-26,-10,-13,-15, 10, 10, 38,-32;
/M: SY='Q';  M=  9, -5,-16, -4,  9,-18,-14,-10,-11,  8, -7,  6, -5, -6, 11,  3,  3,  1, -8,-26,-14,  9;
/M: SY='Y';  M=-30,-29,-48,-26,-24, 47,-30,  8, -8,-11, 21,-10,-25,-23,-16, -5,-15,-15,  5, 23, 57,-24;
/M: SY='R';  M= -2,-12,-22,-11, -4, -6,-16,-15, -6, 12, -8, 10,-10,-11,  3, 25, -5,-11, -1,-16, -3, -4;
/M: SY='P';  M= -1,-14,-28, -7,  7,-31, -7,  3,-23,  7,-26,-31,-20, 72, -2,-10,  4,  6,-29,-32,-22, -2;
/M: SY='K';  M= -2, -7,-20, -8,  9,-10,-13,-13, -5, 15, -5,  8, -7, 10, -4, -6, -5, -3, -9,-23, -5,  3;
/M: SY='Y';  M=-24,-23,-42,-17,-16, 14,-27, 27,  0,-15, 19,  3,-25,-17,-12, -8,-16, -9,  5,  3, 45,-16;
/M: SY='D';  M= -1, 21,-26, 22, -2,-27,  3, -6,-17,  0,-16,-12, 21, -3, -9,-14,  3,  0,-20,-40,-21, -6;
/M: SY='I';  M=  2,-17,-19,-27,-27,  4,-12,-23, 43,-19, 16,  6, -9,-32,-23,-21,-11,  2, 34,-26,  0,-27;
/M: SY='R';  M= -6,-11,-22, -9, -7, -9,-19,  4,-14,  3,-10,  6, -7,-10,  9, 31, -7,-12, -7,-21, -2, -3;
/I:         E1=0; IE=-50; DE=-50;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_06 which contains 572'619 sequence entries.

Total number of hits	7 in 7 different sequences
Number of true positive hits	7 in 7 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DNA_BIND
Feature description [info]	TFIIE beta
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

7 sequences

T2EB_BOVIN  (Q2KJF9), T2EB_DICDI  (Q54KJ8), T2EB_HUMAN  (P29084),

T2EB_MOUSE  (Q9D902), T2EB_SCHPO  (P79011), T2EB_XENLA  (P29540), 
T2EB_YEAST  (P36145)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

65 PDB

1D8J; 1D8K; 5FMF; 5FYW; 5FZ5; 5IY6; 5IY7; 5IY8; 5IY9; 5IYA; 5IYB; 5IYC; 5IYD; 5OQJ; 5OQM; 5SVA; 6GYL; 6GYM; 6O9L; 7EG9; 7EGA; 7EGB; 7EGC; 7ENA; 7ENC; 7LBM; 7ML0; 7ML1; 7ML2; 7ML4; 7NVR; 7NVS; 7NVT; 7NVU; 7NVY; 7NVZ; 7NW0; 7O4I; 7O4J; 7O4K; 7O4L; 7O72; 7O73; 7O75; 7ZS9; 7ZSA; 7ZSB; 8BVW; 8BYQ; 8CEN; 8CEO; 8GXQ; 8GXS; 8S51; 8S52; 8S55; 8S5N; 8WAK; 8WAL; 8WAN; 8WAO; 8WAP; 8WAQ; 8WAR; 8WAS
» more