Home  |  Contact
Entry: PS51960

General information about the entry

Entry name [info] COV_NSP15_NTD
Accession [info] PS51960
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 02-JUN-2021 CREATED;
02-JUN-2021 DATA UPDATE;
02-JUN-2021 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51960
Associated ProRule [info] PRU01305

Name and characterization of the entry

Description [info] Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=61;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=56;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.6880867; R2=0.0127346; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=732; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=378; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S';  M=  7, -3,-16, -3, -6,-23, 21,-13,-26,-13,-30,-20,  7,-13, -6,-13, 28,  8,-16,-34,-23, -6;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-21,-31,-21,  9,-31,-21, 24,-30, 46, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 13,-20,  0,-21;
/M: SY='E';  M=-11, 16,-30, 27, 54,-31,-19,  0,-31,  9,-21,-21,  3, -1, 17, -1,  0,-10,-30,-31,-20, 36;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='I';  M= -5,-30,-20,-35,-30,  0,-35,-30, 40,-25, 15, 15,-25,-25,-25,-25,-15, -5, 40,-25, -5,-30;
/M: SY='A';  M= 36,-15,-12,-23,-15,-15, -9,-23,  2,-13, -4, -4,-14,-14,-14,-21,  4, -1, 11,-22,-17,-15;
/M: SY='Y';  M=-20,-24,-26,-28,-24, 50,-30,  4,  0,-18,  4,  0,-20,-30,-22,-14,-20,-10, -6, 22, 60,-24;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='V';  M= -5,-29,-14,-30,-26,  5,-29,-23, 25,-21, 22, 20,-28,-29,-23,-19,-17, -4, 32,-25, -5,-25;
/M: SY='V';  M= -5,-29,-15,-29,-28,  5,-31,-22, 26,-20, 13, 10,-28,-29,-25,-19,-14, -3, 36,-20,  5,-28;
/M: SY='K';  M=-10, 18,-26,  9,  6,-26,-11, -1,-26, 28,-30,-14, 27,-14,  6, 17, -1, -6,-24,-29,-14,  6;
/M: SY='K';  M=  2, -4,-24, -6,  0,-26, -4,-12,-22, 16,-22,-10, -2,-12,  6,  6,  0, -4,-15,-22,-15,  3;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='H';  M=-10, -1,-21, -2, -1,-20,-16, 71,-27,-11,-21, -5,  8,-18,  6, -4,  0,-12,-24,-32,  9, -1;
/M: SY='F';  M=-20,-27,-23,-34,-27, 65,-30, -8,  0,-24,  7,  0,-20,-30,-31,-17,-20,-10, -3, 16, 45,-27;
/M: SY='D';  M=-10, 17,-21, 24,  0,-22,-18,-13,-14, -8,-15,-15,  3,-14, -9,-13,  3,  9, -4,-34,-14, -5;
/M: SY='G';  M= 10,-10,-25,-12,-17,-28, 53,-20,-33,-18,-26,-18, -2,-18,-17,-20,  4,-14,-23,-21,-28,-17;
/M: SY='V';  M= -4,-15,-22,-16, -9,-15,-23, -9,  3, -5, -2,  3,-12,-20,  1,  2, -8, -7,  5,-23, -8, -6;
/M: SY='A';  M= 14,  5,-20,  4,  9,-26,-11,-11,-17, -1,-16,-13, -2, -9,  2,-10,  4, -2,-12,-26,-17,  5;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='E';  M=-11, 12,-30, 23, 58,-31,-19,  0,-31,  9,-21,-21,  1, -1, 19, -1,  0,-10,-30,-31,-20, 38;
/M: SY='L';  M= -5,-26,-18,-29,-20,  5,-26,-16, 18,-23, 36, 26,-26,-26,-16,-18,-23, -8, 12,-21, -2,-18;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='V';  M= -3,-21, 23,-26,-26, -7,-28,-28,  6,-21, -2, -2,-21,-28,-26,-21, -4,  8, 24,-35,-15,-26;
/M: SY='A';  M= 36,-11,-11,-19,-11,-17, -5,-20, -4,-12,-10, -8, -9,-12,-11,-19, 11,  2,  4,-24,-18,-11;
/M: SY='I';  M= -2,-29,-20,-34,-29, -1,-33,-29, 38,-24, 14, 14,-24,-24,-24,-25,-14, -5, 37,-24, -6,-29;
/M: SY='I';  M= -4,-22,-19,-28,-22, -3,-28,-23, 25,-21, 10, 13,-17,-20,-17,-20, -6,  4, 23,-26, -6,-22;
/M: SY='N';  M= -3, 20,-23,  7, -8,-23, 24, -2,-26, -8,-29,-19, 35,-19, -8, -8,  7, -7,-28,-32,-23, -8;
/M: SY='D';  M=-18, 45,-28, 58, 21,-36, -9,  2,-36,  1,-29,-28, 24,-11,  2, -8,  2, -8,-30,-39,-20, 11;
/M: SY='K';  M= -5, -1,-27, -3,  6,-27,-18,-11,-27, 40,-26,-10, -1,-11,  7, 25, -6, -5,-17,-21,-11,  6;
/M: SY='V';  M= -2,-30,-14,-32,-29,  1,-32,-29, 33,-22, 14, 12,-28,-28,-28,-22,-13, -2, 44,-28, -8,-29;
/M: SY='F';  M=-15,-27,-22,-32,-26, 38,-30,-11, 12,-22, 11, 10,-22,-28,-25,-18,-19, -8, 10,  2, 29,-25;
/M: SY='V';  M=  7,-18,-11,-23,-21, -6,-23,-25, 13,-16,  1,  1,-17,-20,-20,-17,  2, 15, 26,-28,-11,-21;
/M: SY='K';  M=-13, -7,-30, -8,  2,-23,-23,-10,-18, 33,-20, -6, -3,-14,  6, 32,-11,-10,-13,-20, -9,  2;
/M: SY='D';  M=-11,  8,-25, 13, -2,-18,-21,-12, -2,-12,-10, -8,  1,-16, -9,-16, -3, -5,  0,-31,-11, -7;
/M: SY='D';  M=-10, 16,-29, 20,  4,-35, 17, -4,-33, -5,-28,-18, 12,-14,  7, -8,  1,-13,-30,-28,-21,  6;
/M: SY='G';  M= -5,  5,-24, -1,-10,-22, 16,-11,-21, -7,-24,-15, 13,-13,-11, -9,  2, -5,-17,-29,-21,-11;
/M: SY='V';  M= -2, -6,-16, -8, -4,-11,-21,-17,  2,-10, -6, -5, -5,-18,-12,-13,  1,  6, 10,-30,-13, -8;
/M: SY='D';  M=-19, 44,-30, 63, 26,-39,-11,  0,-39,  1,-29,-29, 17, -9,  3, -9,  0,-10,-30,-39,-20, 14;
/M: SY='V';  M= -5, -7,-18,-12,-12,-12,-22,-17,  3,  2, -9, -2, -3,-20,-12, -3, -4,  3, 12,-29,-11,-12;
/M: SY='C';  M=  2,-19, 10,-21,-11, -9,-24,-22,  1,-18,  5, -1,-20,-24,-17,-19,-10, -6, 10,-30,-15,-14;
/M: SY='I';  M= -6,-29,-20,-34,-28,  1,-33,-27, 36,-25, 19, 18,-26,-26,-23,-23,-17, -6, 35,-24, -4,-28;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='E';  M= -7, -8,-22, -9,  5,-10,-24,-16, -6,  4, -9, -5, -9,-14, -5, -3, -4,  2,  1,-24, -9,  0;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='K';  M=-10, 14,-27,  8, 10,-28,-13,  0,-25, 26,-28,-12, 20,-13, 14, 16, -1, -7,-25,-27,-14, 12;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='T';  M=  3, -5, -8,-10, -8,-15,-15,-18,-11,-12,-17,-13, -1, -3, -8,-14, 19, 25, -4,-33,-16, -9;
/M: SY='L';  M=-12,-29,-21,-31,-21, 22,-30,-17, 16,-29, 41, 16,-28,-30,-22,-19,-28,-10,  7,-12, 10,-21;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='T';  M=  0, -5,-10,-13,-13, -8,-22,-22, -4,-12, -7, -7, -5,-13,-13,-12, 15, 42,  8,-30,-10,-13;
/M: SY='N';  M= -4, 32,-18, 15, -1,-20,  0,  6,-19, -2,-29,-19, 49,-18, -1, -3, 14,  3,-26,-39,-20, -1;
/M: SY='V';  M= -3,-30,-16,-33,-30,  0,-33,-30, 36,-23, 13, 13,-27,-27,-27,-23,-13, -3, 44,-27, -7,-30;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='F';  M=-15,-30,-17,-37,-30, 59,-30,-23,  8,-27, 10,  3,-23,-30,-37,-20,-17, -7, 13,  0, 20,-30;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='Y';  M=-20,-28,-30,-32,-26, 45,-28, -6, -4,-20,  0, -4,-24,-30,-24,-16,-24,-14,-10, 47, 50,-24;
/M: SY='A';  M= 45, -9,-10,-19,-10,-19, -2,-20,-10,-10,-10,-10, -9,-10,-10,-19, 11,  5,  0,-21,-19,-10;
/M: SY='K';  M=-10,  1,-30,  1, 13,-30,-20, -9,-30, 48,-29,-11,  0, -9, 11, 28, -9,-10,-21,-21,-11, 12;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2021_03 which contains 565'254 sequence entries.


Total number of hits 30 in 30 different sequences
Number of true positive hits 30 in 30 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Nsp15 N-terminal oligomerization
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
30 sequences

R1AB_BC133  (P0C6W1    ), R1AB_BC279  (P0C6V9    ), R1AB_BC512  (P0C6W0    ), 
R1AB_BCHK3  (P0C6W2    ), R1AB_BCHK4  (P0C6W3    ), R1AB_BCHK5  (P0C6W4    ), 
R1AB_BCHK9  (P0C6W5    ), R1AB_BCRP3  (P0C6W6    ), R1AB_CVBEN  (P0C6W7    ), 
R1AB_CVBLU  (P0C6W8    ), R1AB_CVBM   (P0C6W9    ), R1AB_CVBQ   (P0C6X0    ), 
R1AB_CVH22  (P0C6X1    ), R1AB_CVHN1  (P0C6X2    ), R1AB_CVHN2  (P0C6X3    ), 
R1AB_CVHN5  (P0C6X4    ), R1AB_CVHNL  (P0C6X5    ), R1AB_CVHOC  (P0C6X6    ), 
R1AB_CVM2   (P0C6X8    ), R1AB_CVMA5  (P0C6X9    ), R1AB_CVMJH  (P0C6Y0    ), 
R1AB_CVPPU  (P0C6Y5    ), R1AB_FIPV   (Q98VG9    ), R1AB_IBVB   (P0C6Y1    ), 
R1AB_IBVBC  (P0C6Y2    ), R1AB_IBVM   (P0C6Y3    ), R1AB_MERS1  (K9N7C7    ), 
R1AB_PEDV7  (P0C6Y4    ), R1AB_SARS   (P0C6X7    ), R1AB_SARS2  (P0DTD1    )
» more

PDB
[Detailed view]
26 PDB

2GTH; 2GTI; 2H85; 2OZK; 2RHB; 4RS4; 4S1T; 5S6X; 5S6Y; 5S6Z; 5S70; 5S71; 5S72; 6VWW; 6W01; 6WLC; 6WXC; 6X1B; 6X4I; 6XDH; 7K1L; 7K1O; 7K9P; 7KEG; 7KEH; 7KF4
» more

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission