PROSITE entry PS51960
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | COV_NSP15_NTD |
| Accession [info] | PS51960 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
02-JUN-2021 CREATED;
02-JUN-2021 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51960 |
| Associated ProRule [info] | PRU01305 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=61; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=56; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.6880867; R2=0.0127346; TEXT='-LogE'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=732; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=378; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='S'; M= 7, -3,-16, -3, -6,-23, 21,-13,-26,-13,-30,-20, 7,-13, -6,-13, 28, 8,-16,-34,-23, -6; /M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21, 9,-31,-21, 24,-30, 46, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 13,-20, 0,-21; /M: SY='E'; M=-11, 16,-30, 27, 54,-31,-19, 0,-31, 9,-21,-21, 3, -1, 17, -1, 0,-10,-30,-31,-20, 36; /M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20, 0,-20, 0, 10,-20, 0,-30,-20, 60,-20, 0, 0, 10, 0,-30,-40,-20, 0; /M: SY='I'; M= -5,-30,-20,-35,-30, 0,-35,-30, 40,-25, 15, 15,-25,-25,-25,-25,-15, -5, 40,-25, -5,-30; /M: SY='A'; M= 36,-15,-12,-23,-15,-15, -9,-23, 2,-13, -4, -4,-14,-14,-14,-21, 4, -1, 11,-22,-17,-15; /M: SY='Y'; M=-20,-24,-26,-28,-24, 50,-30, 4, 0,-18, 4, 0,-20,-30,-22,-14,-20,-10, -6, 22, 60,-24; /M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20, 0,-20, 0, 10,-20, 0,-30,-20, 60,-20, 0, 0, 10, 0,-30,-40,-20, 0; /M: SY='V'; M= -5,-29,-14,-30,-26, 5,-29,-23, 25,-21, 22, 20,-28,-29,-23,-19,-17, -4, 32,-25, -5,-25; /M: SY='V'; M= -5,-29,-15,-29,-28, 5,-31,-22, 26,-20, 13, 10,-28,-29,-25,-19,-14, -3, 36,-20, 5,-28; /M: SY='K'; M=-10, 18,-26, 9, 6,-26,-11, -1,-26, 28,-30,-14, 27,-14, 6, 17, -1, -6,-24,-29,-14, 6; /M: SY='K'; M= 2, -4,-24, -6, 0,-26, -4,-12,-22, 16,-22,-10, -2,-12, 6, 6, 0, -4,-15,-22,-15, 3; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='H'; M=-10, -1,-21, -2, -1,-20,-16, 71,-27,-11,-21, -5, 8,-18, 6, -4, 0,-12,-24,-32, 9, -1; /M: SY='F'; M=-20,-27,-23,-34,-27, 65,-30, -8, 0,-24, 7, 0,-20,-30,-31,-17,-20,-10, -3, 16, 45,-27; /M: SY='D'; M=-10, 17,-21, 24, 0,-22,-18,-13,-14, -8,-15,-15, 3,-14, -9,-13, 3, 9, -4,-34,-14, -5; /M: SY='G'; M= 10,-10,-25,-12,-17,-28, 53,-20,-33,-18,-26,-18, -2,-18,-17,-20, 4,-14,-23,-21,-28,-17; /M: SY='V'; M= -4,-15,-22,-16, -9,-15,-23, -9, 3, -5, -2, 3,-12,-20, 1, 2, -8, -7, 5,-23, -8, -6; /M: SY='A'; M= 14, 5,-20, 4, 9,-26,-11,-11,-17, -1,-16,-13, -2, -9, 2,-10, 4, -2,-12,-26,-17, 5; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='E'; M=-11, 12,-30, 23, 58,-31,-19, 0,-31, 9,-21,-21, 1, -1, 19, -1, 0,-10,-30,-31,-20, 38; /M: SY='L'; M= -5,-26,-18,-29,-20, 5,-26,-16, 18,-23, 36, 26,-26,-26,-16,-18,-23, -8, 12,-21, -2,-18; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='V'; M= -3,-21, 23,-26,-26, -7,-28,-28, 6,-21, -2, -2,-21,-28,-26,-21, -4, 8, 24,-35,-15,-26; /M: SY='A'; M= 36,-11,-11,-19,-11,-17, -5,-20, -4,-12,-10, -8, -9,-12,-11,-19, 11, 2, 4,-24,-18,-11; /M: SY='I'; M= -2,-29,-20,-34,-29, -1,-33,-29, 38,-24, 14, 14,-24,-24,-24,-25,-14, -5, 37,-24, -6,-29; /M: SY='I'; M= -4,-22,-19,-28,-22, -3,-28,-23, 25,-21, 10, 13,-17,-20,-17,-20, -6, 4, 23,-26, -6,-22; /M: SY='N'; M= -3, 20,-23, 7, -8,-23, 24, -2,-26, -8,-29,-19, 35,-19, -8, -8, 7, -7,-28,-32,-23, -8; /M: SY='D'; M=-18, 45,-28, 58, 21,-36, -9, 2,-36, 1,-29,-28, 24,-11, 2, -8, 2, -8,-30,-39,-20, 11; /M: SY='K'; M= -5, -1,-27, -3, 6,-27,-18,-11,-27, 40,-26,-10, -1,-11, 7, 25, -6, -5,-17,-21,-11, 6; /M: SY='V'; M= -2,-30,-14,-32,-29, 1,-32,-29, 33,-22, 14, 12,-28,-28,-28,-22,-13, -2, 44,-28, -8,-29; /M: SY='F'; M=-15,-27,-22,-32,-26, 38,-30,-11, 12,-22, 11, 10,-22,-28,-25,-18,-19, -8, 10, 2, 29,-25; /M: SY='V'; M= 7,-18,-11,-23,-21, -6,-23,-25, 13,-16, 1, 1,-17,-20,-20,-17, 2, 15, 26,-28,-11,-21; /M: SY='K'; M=-13, -7,-30, -8, 2,-23,-23,-10,-18, 33,-20, -6, -3,-14, 6, 32,-11,-10,-13,-20, -9, 2; /M: SY='D'; M=-11, 8,-25, 13, -2,-18,-21,-12, -2,-12,-10, -8, 1,-16, -9,-16, -3, -5, 0,-31,-11, -7; /M: SY='D'; M=-10, 16,-29, 20, 4,-35, 17, -4,-33, -5,-28,-18, 12,-14, 7, -8, 1,-13,-30,-28,-21, 6; /M: SY='G'; M= -5, 5,-24, -1,-10,-22, 16,-11,-21, -7,-24,-15, 13,-13,-11, -9, 2, -5,-17,-29,-21,-11; /M: SY='V'; M= -2, -6,-16, -8, -4,-11,-21,-17, 2,-10, -6, -5, -5,-18,-12,-13, 1, 6, 10,-30,-13, -8; /M: SY='D'; M=-19, 44,-30, 63, 26,-39,-11, 0,-39, 1,-29,-29, 17, -9, 3, -9, 0,-10,-30,-39,-20, 14; /M: SY='V'; M= -5, -7,-18,-12,-12,-12,-22,-17, 3, 2, -9, -2, -3,-20,-12, -3, -4, 3, 12,-29,-11,-12; /M: SY='C'; M= 2,-19, 10,-21,-11, -9,-24,-22, 1,-18, 5, -1,-20,-24,-17,-19,-10, -6, 10,-30,-15,-14; /M: SY='I'; M= -6,-29,-20,-34,-28, 1,-33,-27, 36,-25, 19, 18,-26,-26,-23,-23,-17, -6, 35,-24, -4,-28; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /M: SY='E'; M= -7, -8,-22, -9, 5,-10,-24,-16, -6, 4, -9, -5, -9,-14, -5, -3, -4, 2, 1,-24, -9, 0; /M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20, 0,-20, 0, 10,-20, 0,-30,-20, 60,-20, 0, 0, 10, 0,-30,-40,-20, 0; /M: SY='K'; M=-10, 14,-27, 8, 10,-28,-13, 0,-25, 26,-28,-12, 20,-13, 14, 16, -1, -7,-25,-27,-14, 12; /M: SY='T'; M= 0, 0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10, 0,-10,-10,-10, 20, 50, 0,-30,-10,-10; /M: SY='T'; M= 3, -5, -8,-10, -8,-15,-15,-18,-11,-12,-17,-13, -1, -3, -8,-14, 19, 25, -4,-33,-16, -9; /M: SY='L'; M=-12,-29,-21,-31,-21, 22,-30,-17, 16,-29, 41, 16,-28,-30,-22,-19,-28,-10, 7,-12, 10,-21; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='T'; M= 0, -5,-10,-13,-13, -8,-22,-22, -4,-12, -7, -7, -5,-13,-13,-12, 15, 42, 8,-30,-10,-13; /M: SY='N'; M= -4, 32,-18, 15, -1,-20, 0, 6,-19, -2,-29,-19, 49,-18, -1, -3, 14, 3,-26,-39,-20, -1; /M: SY='V'; M= -3,-30,-16,-33,-30, 0,-33,-30, 36,-23, 13, 13,-27,-27,-27,-23,-13, -3, 44,-27, -7,-30; /M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20, 0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10, 0, 0,-20,-20,-10; /M: SY='F'; M=-15,-30,-17,-37,-30, 59,-30,-23, 8,-27, 10, 3,-23,-30,-37,-20,-17, -7, 13, 0, 20,-30; /M: SY='E'; M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20, 0,-30, 10,-20,-20, 0, 0, 20, 0, 0,-10,-30,-30,-20, 40; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='Y'; M=-20,-28,-30,-32,-26, 45,-28, -6, -4,-20, 0, -4,-24,-30,-24,-16,-24,-14,-10, 47, 50,-24; /M: SY='A'; M= 45, -9,-10,-19,-10,-19, -2,-20,-10,-10,-10,-10, -9,-10,-10,-19, 11, 5, 0,-21,-19,-10; /M: SY='K'; M=-10, 1,-30, 1, 13,-30,-20, -9,-30, 48,-29,-11, 0, -9, 11, 28, -9,-10,-21,-21,-11, 12; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 30 in 30 different sequences |
| Number of true positive hits | 30 in 30 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotic viruses |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | Nsp15 N-terminal oligomerization |
| Version [info] | 1 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
30 sequences
R1AB_BC133 (P0C6W1), R1AB_BC279 (P0C6V9), R1AB_BC512 (P0C6W0), R1AB_BCHK3 (P0C6W2), R1AB_BCHK4 (P0C6W3), R1AB_BCHK5 (P0C6W4), R1AB_BCHK9 (P0C6W5), R1AB_BCRP3 (P0C6W6), R1AB_CVBEN (P0C6W7), R1AB_CVBLU (P0C6W8), R1AB_CVBM (P0C6W9), R1AB_CVBQ (P0C6X0), R1AB_CVH22 (P0C6X1), R1AB_CVHN1 (P0C6X2), R1AB_CVHN2 (P0C6X3), R1AB_CVHN5 (P0C6X4), R1AB_CVHNL (P0C6X5), R1AB_CVHOC (P0C6X6), R1AB_CVM2 (P0C6X8), R1AB_CVMA5 (P0C6X9), R1AB_CVMJH (P0C6Y0), R1AB_CVPPU (P0C6Y5), R1AB_FIPV (Q98VG9), R1AB_IBVB (P0C6Y1), R1AB_IBVBC (P0C6Y2), R1AB_IBVM (P0C6Y3), R1AB_MERS1 (K9N7C7), R1AB_PEDV7 (P0C6Y4), R1AB_SARS (P0C6X7), R1AB_SARS2 (P0DTD1)» more
|
| PDB [Detailed view] |
58 PDB
2GTH; 2GTI; 2H85; 2OZK; 2RHB; 4RS4; 4S1T; 5S6X; 5S6Y; 5S6Z; 5S70; 5S71; 5S72; 5SA4; 5SA5; 5SA6; 5SA7; 5SA8; 5SA9; 5SAA; 5SAB; 5SAC; 5SAD; 5SAE; 5SAF; 5SAG; 5SAH; 5SAI; 5SBF; 6VWW; 6W01; 6WLC; 6WXC; 6X1B; 6X4I; 6XDH; 7DW0; 7K0R; 7K1L; 7K1O; 7K9P; 7KEG; 7KEH; 7KF4; 7ME0; 7N06; 7N33; 7N7R; 7N7U; 7N7W; 7N7Y; 7N83; 7RB0; 7RB2; 7TJ2; 7TQV; 8D34; 8U2X » more |