Entry: PS51077

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] HTH_ICLR
Accession [info] PS51077
Entry type [info] MATRIX
Date [info] FEB-2005 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00807
Associated ProRule [info] PRU00393

Name and characterization of the entry

Description [info] IclR-type HTH domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=63;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=58;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0114145; R2=0.0185352; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2582.06250; R2=15.40341; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=502; N_SCORE=11.3; H_SCORE=9221; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=243; N_SCORE=6.5; H_SCORE=6310; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='V'; M= -2,-17,-13,-22,-21, -7,-24,-17, 16,-16,  2,  6,-12,-23,-16,-15, -6, -1, 22,-29, -9,-20;
/M: SY='Q'; M= -2, -1,-25, -3,  7,-29,-15, -1,-20,  9,-22, -8,  2, -3, 22,  5,  4, -1,-21,-25,-13, 14;
/M: SY='S'; M= 10, -5,-15, -8, -8,-18,  0, -7,-15,-12,-20,-13,  1,-11, -7,-13, 18,  9, -6,-32,-16, -8;
/M: SY='L'; M= -2,-24,-18,-28,-21,  0,-27,-22, 20,-23, 23, 13,-22,-22,-20,-20,-16, -5, 19,-24, -6,-21;
/M: SY='D'; M= -7, 10,-24, 15, 15,-22,-14, -5,-20, -3,-16,-15,  3,-11,  0, -8,  2, -2,-15,-31,-15,  7;
/M: SY='R'; M=-16, -2,-29, -2,  4,-24,-19, -2,-28, 30,-21,-10,  2,-17, 10, 47, -9,-10,-20,-22,-11,  4;
/M: SY='A'; M= 27,-12,-15,-18,-14,-18,  8,-20,-10,-14,-11, -8, -9,-14,-13,-19,  7, -1, -1,-23,-19,-14;
/M: SY='L'; M=-10,-26,-22,-31,-21, 15,-27,-18, 18,-25, 29, 20,-24,-26,-19,-19,-23,-10, 10,-16,  3,-20;
/M: SY='R'; M=  1, -2,-23, -3,  4,-23,-12, -7,-19,  7,-16, -8, -1,-13,  7, 12,  1, -2,-14,-24,-14,  5;
/M: SY='I'; M= -4,-28,-16,-33,-26,  0,-32,-26, 30,-26, 21, 15,-24,-25,-22,-24,-18, -7, 26,-24, -5,-26;
/M: SY='L'; M=-11,-29,-21,-31,-21, 14,-30,-19, 20,-28, 39, 18,-27,-28,-19,-20,-27,-10, 10,-17,  3,-20;
/M: SY='D'; M= -7, 11,-25, 14, 14,-25,-11, -3,-22,  2,-18,-12,  6,-12, 10, -1,  0, -6,-21,-28,-15, 12;
/M: SY='L'; M=  4,-18,-20,-21,-14, -1,-19, -6,  2,-16,  8,  4,-15,-21,-10,-14, -8, -4,  0,-12,  5,-13;
/M: SY='L'; M=-11,-29,-20,-33,-25, 24,-31,-21, 20,-27, 28, 14,-26,-29,-26,-21,-23, -8, 16,-12,  9,-25;
/M: SY='A'; M= 14, -6,-16,-10, -5,-16, -4,-14,-11,-11, -9, -9, -4,-14, -7,-14,  7,  3, -5,-24,-14, -6;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='E'; M= -8,  3,-25,  5, 15,-20,-12, -4,-23,  7,-20,-14,  2,-11,  6,  3,  1, -4,-19,-21,-12, 10; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='N'; M= -2,  2,-22,  0,  1,-18, -8,  4,-16, -4,-14, -9,  5,-12,  0, -4,  1, -4,-14,-26,-10, -1; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='P'; M= -6, -4,-19, -2, -3,-19, -5, -8,-19, -2,-18,-12, -4,  3, -5, -1, -5, -7,-15,-15,-13, -6; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='G'; M= -5,  1,-23,  1,  0,-22,  7, -1,-26, -1,-20,-13,  5,-14, -1,  4,  2, -6,-20,-25,-15, -1; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='G'; M= -2, -7,-26, -5, -1,-23,  7,-11,-23, -7,-22,-14, -5,  5, -6, -7,  1, -6,-19,-21,-19, -5; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='L'; M=  1,-21, -5,-24,-17, -3,-23,-16,  7,-21, 12,  4,-20,-24,-17,-19,-12, -6,  8,-19, -5,-17; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='S'; M=  0, -3,-19, -6, -7,-20,  6,-14,-23, -6,-23,-16,  4,-10, -6, -2, 15, 13,-14,-29,-18, -8;
/M: SY='L'; M= -3,-23,-17,-26,-20,  2,-27,-22, 14,-23, 15,  6,-21,-14,-19,-22,-15, -7, 10,-21, -4,-21;
/M: SY='T'; M=  6, -3,-17, -7, -4,-17, -7,-13,-16, -3,-16,-10, -2,-12, -5, -4, 10, 13, -8,-25,-12, -5;
/M: SY='E'; M= -6,  9,-26, 15, 27,-28,-17, -1,-23,  3,-17,-12,  0, -6, 14, -3,  0, -5,-21,-29,-16, 20;
/M: SY='L'; M= -7,-29,-22,-33,-24,  4,-32,-23, 30,-27, 32, 20,-25,-25,-19,-23,-23, -9, 20,-21, -2,-24;
/M: SY='A'; M= 26, -9, -9,-15, -9,-18, -4,-13,-10,-12,-13, -8, -5,-13, -6,-16, 13,  3, -3,-27,-17, -8;
/M: SY='E'; M= -3,  4,-26,  7, 23,-27,-13, -2,-26, 11,-20,-14,  2, -9, 12,  8,  0, -7,-22,-26,-16, 17;
/M: SY='R'; M=  1, -7,-21,-10, -1,-16,-17,-11, -9,  1, -5, -4, -4,-16,  0,  3, -3, -1, -7,-24,-12, -1;
/M: SY='L'; M=  4,-17,-15,-21,-15, -1,-19,-19,  6,-19,  9,  4,-14,-19,-14,-17, -1,  6,  8,-24, -7,-15;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='G'; M= -2,  0,-28,  0, -6,-29, 36,-12,-33, -9,-27,-16,  4,-16, -7,-10,  1,-14,-26,-24,-24, -7;
/M: SY='L'; M= -7,-27,-18,-32,-23,  4,-30,-19, 25,-25, 28, 23,-25,-25,-17,-21,-22, -9, 17,-20,  0,-22;
/M: SY='P'; M=  0, -2,-26, -2, -2,-24, -7, -5,-21, -9,-26,-17,  3, 25, -6,-13,  5,  0,-21,-32,-21, -6;
/M: SY='R'; M= -9, -4,-26, -5,  0,-20,-19, -9,-18, 17,-15, -6, -1,-10,  3, 19, -7, -4,-14,-24,-11,  0;
/M: SY='S'; M= 12, -3,-14, -4, -1,-21,  1,-12,-19, -9,-25,-17,  4, -6, -2,-11, 27, 15,-11,-34,-20, -2;
/M: SY='T'; M=  6,  0,-13, -7, -4,-15,-13,-15,-15, -5,-16,-13,  2,-10, -5, -4, 19, 29, -6,-30,-14, -4;
/M: SY='V'; M=  7,-22, -9,-26,-22, -4,-23,-25, 14,-20, 12,  5,-21,-23,-21,-20, -7,  3, 23,-26,-10,-22;
/M: SY='H'; M=-16,-10,-26,-11, -9,  2,-23, 32,-12, -8, -7, -1, -4,-23,  0,  0,-10, -9,-15, -9, 27, -8;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='R'; M=-12, -4,-25, -7, -2,-18,-14, -3,-23, 18,-18,-10,  5,-18,  4, 40, -4, -5,-15,-23,-12, -2; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='L'; M=-11,-26,-20,-30,-22,  7,-31,-11, 21,-26, 29, 19,-23,-26,-17,-20,-24,-10, 11,-18,  6,-21;
/M: SY='L'; M= -7,-28,-16,-30,-22,  8,-29,-21, 19,-27, 37, 18,-28,-28,-20,-20,-24, -7, 14,-21, -2,-21;
/M: SY='Q'; M= -7,  0,-24, -2,  2,-21,-14,  1,-18,  4,-17, -7,  4,-11,  8,  8,  0,  0,-17,-26,-10,  4;
/M: SY='T'; M=  1, -2,-14, -7, -9,-11,-12,-16, -9,-11,-10, -8, -1,-14,-11,-12, 11, 22, -1,-29,-12, -9;
/M: SY='L'; M=-10,-28,-20,-29,-20,  7,-25,-17, 18,-26, 42, 25,-27,-28,-17,-18,-27,-10,  9,-20, -1,-18;
/M: SY='E'; M= -2,-11,-22,-11,  3,-16,-23,-12, -3, -1, -6, -2,-12,-16,  2, -2, -5, -5,  2,-24,-10,  2;
/M: SY='E'; M= -6,  3,-24,  4, 16,-21,-16, -1,-20,  4,-17,-10,  2,-11, 12,  5,  4, -1,-18,-25, -9, 13;
/M: SY='H'; M= -7, -9,-15,-10,  3,-15,-19,  7,-14, -6, -7, -1, -8,-17,  2, -5, -8,-10,-14,-20, -5,  2;
/M: SY='G'; M= -3,  0,-28,  0, -4,-28, 37,-12,-34, -9,-27,-19,  6,-16,-10, -9,  1,-13,-27,-24,-25, -7;
/M: SY='Y'; M=-16,-25,-24,-29,-23, 33,-29, -7,  6,-18, 11,  8,-22,-28,-20,-14,-21,-10,  2,  9, 34,-22;
/M: SY='V'; M= -2,-28,-16,-30,-26,  4,-30,-26, 26,-23, 20, 12,-26,-27,-25,-21,-15, -3, 31,-24, -5,-26;
/M: SY='E'; M= -2,  1,-22,  2, 10,-20,-13, -6,-19,  0,-15,-11,  0,-11,  3,  1,  5,  3,-14,-27,-12,  5;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='R'; M=-10, -6,-24, -7,  4,-15,-18, -3,-18,  7,-15, -7, -2,-10, 13, 17, -1, -4,-16,-20, -8,  8; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='D'; M= -8, 16,-22, 19,  4,-23,-13, -4,-16, -4,-16,-13, 10,-14, -1, -8,  1, -2,-12,-32,-14,  1; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='P'; M=  2, -4,-18, -3,  1,-24, -2,-10,-21, -5,-22,-15, -4, 10, -4,-11,  1, -5,-18,-27,-20, -3; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='E'; M= -4,  8,-15, 11, 16,-17, -9,  3,-15,  1,-11, -9,  4, -5,  8, -2,  1, -4,-15,-19, -9, 12; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-22; MD=-22; IM=-22; DM=-22;
/M: SY='B'; M= -2, 10,-17, 10,  2,-19, -1, -3,-20, -3,-17,-14,  9,-11, -2, -5,  6,  0,-15,-26,-14, -1; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='G'; M= -8, -1,-28,  0,  0,-27, 15, -4,-30,  5,-25,-14,  3,-15, -2,  4, -4,-14,-24,-22,-17, -2; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='R'; M= -7, -7,-23,-11, -7,-13,-14, -7,-14,  7,-11, -4, -3,-19, -3, 11, -5, -3,-10,-18, -5, -6;
/M: SY='Y'; M=-17,-24,-30,-26,-22, 34,-28,  6, -3,-15, -1, -3,-22,-29,-16,-13,-21,-12,-10, 38, 61,-21;
/M: SY='R'; M= -2,-10,-15,-13, -8,-13,-17, -1,-10, -4,-11, -5, -5,-18, -1,  4,  3,  2, -5,-24, -4, -6;
/M: SY='L'; M= -7,-27,-18,-29,-21,  4,-30,-21, 19,-26, 31, 13,-26,-20,-19,-21,-22, -7, 12,-21, -1,-21;
/M: SY='G'; M= -1,-10,-28,-11,-19,-25, 53,-20,-34,-19,-25,-18, -2,-19,-19,-19,  1,-11,-25,-16,-25,-19;
/M: SY='P'; M= -4,-17,-25,-17, -9,-11,-22,-16, -1,-14, -1, -2,-15, 12,-11,-15, -8, -1, -5,-24,-10,-13;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Post-processing [info]

PROMOTED_BY PS51078

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_09 which contains 546'439 sequence entries.


Total number of hits 32 in 32 different sequences
Number of true positive hits 32 in 32 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] PS_Langendijk_Genevaux
Taxonomic range [info] Archaea, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] HTH iclR-type
Version [info] 3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
32 sequences

ALLR_ECO57  (P0ACN6), ALLR_ECOK1  (A1A8H2), ALLR_ECOL5  (Q0TKD5), 
ALLR_ECOL6  (P0ACN5), ALLR_ECOLI  (P0ACN4), ALLR_ECOUT  (Q1RF28), 
ALLR_KLEPN  (Q765S0), ALLR_SALCH  (Q57S48), ALLR_SALPA  (Q5PCF5), 
ALLR_SALTI  (Q8Z8R2), ALLR_SALTY  (Q8ZR86), ARCR_HALS3  (B0R9X6), 
GYLR_STRCO  (P15360), GYLR_STRGR  (P22866), ICLR_ECOLI  (P16528), 
ICLR_SALTY  (P17430), KDGR_DICCH  (P37728), KDGR_ECOLI  (P76268), 
KIPR_BACSU  (P42968), MHPR_ECOLI  (P77569), PCAR_PSEPU  (Q52154), 
PCAU_ACIAD  (O83046), POBR_ACIAD  (Q43992), RHMR_ECOLI  (P77732), 
SAUR_CUPNH  (Q0K846), SRPS_PSEPU  (Q9R9U0), TSAQ_COMTE  (Q6XL52), 
TTGV_PSEPT  (Q93PU6), Y1032_HAEIN (P44996), YAGI_ECOLI  (P77300), 
YIAJ_ECOLI  (P37671), YJHI_ECOLI  (P39360)
» More

PDB
[Detailed view]
2 PDB

2XRN; 2XRO

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission