To improve security and privacy, we are moving our web pages and services from HTTP to HTTPS.
To give users of web services time to transition to HTTPS, we will support separate HTTP and HTTPS services until the end of 2017.
From January 2018 most HTTP traffic will be automatically redirected to HTTPS. [more...]
View this page in https
Entry: PS51077

General information about the entry

Entry name [info] HTH_ICLR
Accession [info] PS51077
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-FEB-2005 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 22-NOV-2017 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC00807
Associated ProRule [info] PRU00393

Name and characterization of the entry

Description [info] IclR-type HTH domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=63;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=58;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0114145; R2=0.0185352; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2723.8818359; R2=2.7780979; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=502; H_SCORE=4118; N_SCORE=11.3; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=243; H_SCORE=3399; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='V'; M= -2,-17,-13,-22,-21, -7,-24,-17, 16,-16,  2,  6,-12,-23,-16,-15, -6, -1, 22,-29, -9,-20;
/M: SY='Q'; M= -2, -1,-25, -3,  7,-29,-15, -1,-20,  9,-22, -8,  2, -3, 22,  5,  4, -1,-21,-25,-13, 14;
/M: SY='S'; M= 10, -5,-15, -8, -8,-18,  0, -7,-15,-12,-20,-13,  1,-11, -7,-13, 18,  9, -6,-32,-16, -8;
/M: SY='L'; M= -2,-24,-18,-28,-21,  0,-27,-22, 20,-23, 23, 13,-22,-22,-20,-20,-16, -5, 19,-24, -6,-21;
/M: SY='D'; M= -7, 10,-24, 15, 15,-22,-14, -5,-20, -3,-16,-15,  3,-11,  0, -8,  2, -2,-15,-31,-15,  7;
/M: SY='R'; M=-16, -2,-29, -2,  4,-24,-19, -2,-28, 30,-21,-10,  2,-17, 10, 47, -9,-10,-20,-22,-11,  4;
/M: SY='A'; M= 27,-12,-15,-18,-14,-18,  8,-20,-10,-14,-11, -8, -9,-14,-13,-19,  7, -1, -1,-23,-19,-14;
/M: SY='L'; M=-10,-26,-22,-31,-21, 15,-27,-18, 18,-25, 29, 20,-24,-26,-19,-19,-23,-10, 10,-16,  3,-20;
/M: SY='R'; M=  1, -2,-23, -3,  4,-23,-12, -7,-19,  7,-16, -8, -1,-13,  7, 12,  1, -2,-14,-24,-14,  5;
/M: SY='I'; M= -4,-28,-16,-33,-26,  0,-32,-26, 30,-26, 21, 15,-24,-25,-22,-24,-18, -7, 26,-24, -5,-26;
/M: SY='L'; M=-11,-29,-21,-31,-21, 14,-30,-19, 20,-28, 39, 18,-27,-28,-19,-20,-27,-10, 10,-17,  3,-20;
/M: SY='D'; M= -7, 11,-25, 14, 14,-25,-11, -3,-22,  2,-18,-12,  6,-12, 10, -1,  0, -6,-21,-28,-15, 12;
/M: SY='L'; M=  4,-18,-20,-21,-14, -1,-19, -6,  2,-16,  8,  4,-15,-21,-10,-14, -8, -4,  0,-12,  5,-13;
/M: SY='L'; M=-11,-29,-20,-33,-25, 24,-31,-21, 20,-27, 28, 14,-26,-29,-26,-21,-23, -8, 16,-12,  9,-25;
/M: SY='A'; M= 14, -6,-16,-10, -5,-16, -4,-14,-11,-11, -9, -9, -4,-14, -7,-14,  7,  3, -5,-24,-14, -6;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='E'; M= -8,  3,-25,  5, 15,-20,-12, -4,-23,  7,-20,-14,  2,-11,  6,  3,  1, -4,-19,-21,-12, 10; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='N'; M= -2,  2,-22,  0,  1,-18, -8,  4,-16, -4,-14, -9,  5,-12,  0, -4,  1, -4,-14,-26,-10, -1; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='P'; M= -6, -4,-19, -2, -3,-19, -5, -8,-19, -2,-18,-12, -4,  3, -5, -1, -5, -7,-15,-15,-13, -6; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='G'; M= -5,  1,-23,  1,  0,-22,  7, -1,-26, -1,-20,-13,  5,-14, -1,  4,  2, -6,-20,-25,-15, -1; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='G'; M= -2, -7,-26, -5, -1,-23,  7,-11,-23, -7,-22,-14, -5,  5, -6, -7,  1, -6,-19,-21,-19, -5; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='L'; M=  1,-21, -5,-24,-17, -3,-23,-16,  7,-21, 12,  4,-20,-24,-17,-19,-12, -6,  8,-19, -5,-17; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='S'; M=  0, -3,-19, -6, -7,-20,  6,-14,-23, -6,-23,-16,  4,-10, -6, -2, 15, 13,-14,-29,-18, -8;
/M: SY='L'; M= -3,-23,-17,-26,-20,  2,-27,-22, 14,-23, 15,  6,-21,-14,-19,-22,-15, -7, 10,-21, -4,-21;
/M: SY='T'; M=  6, -3,-17, -7, -4,-17, -7,-13,-16, -3,-16,-10, -2,-12, -5, -4, 10, 13, -8,-25,-12, -5;
/M: SY='E'; M= -6,  9,-26, 15, 27,-28,-17, -1,-23,  3,-17,-12,  0, -6, 14, -3,  0, -5,-21,-29,-16, 20;
/M: SY='L'; M= -7,-29,-22,-33,-24,  4,-32,-23, 30,-27, 32, 20,-25,-25,-19,-23,-23, -9, 20,-21, -2,-24;
/M: SY='A'; M= 26, -9, -9,-15, -9,-18, -4,-13,-10,-12,-13, -8, -5,-13, -6,-16, 13,  3, -3,-27,-17, -8;
/M: SY='E'; M= -3,  4,-26,  7, 23,-27,-13, -2,-26, 11,-20,-14,  2, -9, 12,  8,  0, -7,-22,-26,-16, 17;
/M: SY='R'; M=  1, -7,-21,-10, -1,-16,-17,-11, -9,  1, -5, -4, -4,-16,  0,  3, -3, -1, -7,-24,-12, -1;
/M: SY='L'; M=  4,-17,-15,-21,-15, -1,-19,-19,  6,-19,  9,  4,-14,-19,-14,-17, -1,  6,  8,-24, -7,-15;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='G'; M= -2,  0,-28,  0, -6,-29, 36,-12,-33, -9,-27,-16,  4,-16, -7,-10,  1,-14,-26,-24,-24, -7;
/M: SY='L'; M= -7,-27,-18,-32,-23,  4,-30,-19, 25,-25, 28, 23,-25,-25,-17,-21,-22, -9, 17,-20,  0,-22;
/M: SY='P'; M=  0, -2,-26, -2, -2,-24, -7, -5,-21, -9,-26,-17,  3, 25, -6,-13,  5,  0,-21,-32,-21, -6;
/M: SY='R'; M= -9, -4,-26, -5,  0,-20,-19, -9,-18, 17,-15, -6, -1,-10,  3, 19, -7, -4,-14,-24,-11,  0;
/M: SY='S'; M= 12, -3,-14, -4, -1,-21,  1,-12,-19, -9,-25,-17,  4, -6, -2,-11, 27, 15,-11,-34,-20, -2;
/M: SY='T'; M=  6,  0,-13, -7, -4,-15,-13,-15,-15, -5,-16,-13,  2,-10, -5, -4, 19, 29, -6,-30,-14, -4;
/M: SY='V'; M=  7,-22, -9,-26,-22, -4,-23,-25, 14,-20, 12,  5,-21,-23,-21,-20, -7,  3, 23,-26,-10,-22;
/M: SY='H'; M=-16,-10,-26,-11, -9,  2,-23, 32,-12, -8, -7, -1, -4,-23,  0,  0,-10, -9,-15, -9, 27, -8;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='R'; M=-12, -4,-25, -7, -2,-18,-14, -3,-23, 18,-18,-10,  5,-18,  4, 40, -4, -5,-15,-23,-12, -2; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='L'; M=-11,-26,-20,-30,-22,  7,-31,-11, 21,-26, 29, 19,-23,-26,-17,-20,-24,-10, 11,-18,  6,-21;
/M: SY='L'; M= -7,-28,-16,-30,-22,  8,-29,-21, 19,-27, 37, 18,-28,-28,-20,-20,-24, -7, 14,-21, -2,-21;
/M: SY='Q'; M= -7,  0,-24, -2,  2,-21,-14,  1,-18,  4,-17, -7,  4,-11,  8,  8,  0,  0,-17,-26,-10,  4;
/M: SY='T'; M=  1, -2,-14, -7, -9,-11,-12,-16, -9,-11,-10, -8, -1,-14,-11,-12, 11, 22, -1,-29,-12, -9;
/M: SY='L'; M=-10,-28,-20,-29,-20,  7,-25,-17, 18,-26, 42, 25,-27,-28,-17,-18,-27,-10,  9,-20, -1,-18;
/M: SY='E'; M= -2,-11,-22,-11,  3,-16,-23,-12, -3, -1, -6, -2,-12,-16,  2, -2, -5, -5,  2,-24,-10,  2;
/M: SY='E'; M= -6,  3,-24,  4, 16,-21,-16, -1,-20,  4,-17,-10,  2,-11, 12,  5,  4, -1,-18,-25, -9, 13;
/M: SY='H'; M= -7, -9,-15,-10,  3,-15,-19,  7,-14, -6, -7, -1, -8,-17,  2, -5, -8,-10,-14,-20, -5,  2;
/M: SY='G'; M= -3,  0,-28,  0, -4,-28, 37,-12,-34, -9,-27,-19,  6,-16,-10, -9,  1,-13,-27,-24,-25, -7;
/M: SY='Y'; M=-16,-25,-24,-29,-23, 33,-29, -7,  6,-18, 11,  8,-22,-28,-20,-14,-21,-10,  2,  9, 34,-22;
/M: SY='V'; M= -2,-28,-16,-30,-26,  4,-30,-26, 26,-23, 20, 12,-26,-27,-25,-21,-15, -3, 31,-24, -5,-26;
/M: SY='E'; M= -2,  1,-22,  2, 10,-20,-13, -6,-19,  0,-15,-11,  0,-11,  3,  1,  5,  3,-14,-27,-12,  5;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='R'; M=-10, -6,-24, -7,  4,-15,-18, -3,-18,  7,-15, -7, -2,-10, 13, 17, -1, -4,-16,-20, -8,  8; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='D'; M= -8, 16,-22, 19,  4,-23,-13, -4,-16, -4,-16,-13, 10,-14, -1, -8,  1, -2,-12,-32,-14,  1; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='P'; M=  2, -4,-18, -3,  1,-24, -2,-10,-21, -5,-22,-15, -4, 10, -4,-11,  1, -5,-18,-27,-20, -3; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='E'; M= -4,  8,-15, 11, 16,-17, -9,  3,-15,  1,-11, -9,  4, -5,  8, -2,  1, -4,-15,-19, -9, 12; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-22; MD=-22; IM=-22; DM=-22;
/M: SY='B'; M= -2, 10,-17, 10,  2,-19, -1, -3,-20, -3,-17,-14,  9,-11, -2, -5,  6,  0,-15,-26,-14, -1; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='G'; M= -8, -1,-28,  0,  0,-27, 15, -4,-30,  5,-25,-14,  3,-15, -2,  4, -4,-14,-24,-22,-17, -2; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='R'; M= -7, -7,-23,-11, -7,-13,-14, -7,-14,  7,-11, -4, -3,-19, -3, 11, -5, -3,-10,-18, -5, -6;
/M: SY='Y'; M=-17,-24,-30,-26,-22, 34,-28,  6, -3,-15, -1, -3,-22,-29,-16,-13,-21,-12,-10, 38, 61,-21;
/M: SY='R'; M= -2,-10,-15,-13, -8,-13,-17, -1,-10, -4,-11, -5, -5,-18, -1,  4,  3,  2, -5,-24, -4, -6;
/M: SY='L'; M= -7,-27,-18,-29,-21,  4,-30,-21, 19,-26, 31, 13,-26,-20,-19,-21,-22, -7, 12,-21, -1,-21;
/M: SY='G'; M= -1,-10,-28,-11,-19,-25, 53,-20,-34,-19,-25,-18, -2,-19,-19,-19,  1,-11,-25,-16,-25,-19;
/M: SY='P'; M= -4,-17,-25,-17, -9,-11,-22,-16, -1,-14, -1, -2,-15, 12,-11,-15, -8, -1, -5,-24,-10,-13;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Post-processing [info]

PROMOTED_BY PS51078

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_11 which contains 556'196 sequence entries.


Total number of hits 32 in 32 different sequences
Number of true positive hits 32 in 32 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 4
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 88.89 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] PS_Langendijk_Genevaux
Taxonomic range [info] Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] HTH iclR-type
Version [info] 6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
32 sequences

ALLR_ECO57  (P0ACN6    ), ALLR_ECOK1  (A1A8H2    ), ALLR_ECOL5  (Q0TKD5    ), 
ALLR_ECOL6  (P0ACN5    ), ALLR_ECOLI  (P0ACN4    ), ALLR_ECOUT  (Q1RF28    ), 
ALLR_KLEPN  (Q765S0    ), ALLR_SALCH  (Q57S48    ), ALLR_SALPA  (Q5PCF5    ), 
ALLR_SALTI  (Q8Z8R2    ), ALLR_SALTY  (Q8ZR86    ), ARCR_HALS3  (B0R9X6    ), 
GYLR_STRCO  (P15360    ), GYLR_STRGR  (P22866    ), ICLR_ECOLI  (P16528    ), 
ICLR_SALTY  (P17430    ), KDGR_DICCH  (P37728    ), KDGR_ECOLI  (P76268    ), 
KIPR_BACSU  (P42968    ), MHPR_ECOLI  (P77569    ), PCAR_PSEPU  (Q52154    ), 
PCAU_ACIAD  (O83046    ), POBR_ACIAD  (Q43992    ), RHMR_ECOLI  (P77732    ), 
SAUR_CUPNH  (Q0K846    ), SRPS_PSEPU  (Q9R9U0    ), TSAQ_COMTE  (Q6XL52    ), 
TTGV_PSEPT  (Q93PU6    ), Y1032_HAEIN (P44996    ), YAGI_ECOLI  (P77300    ), 
YIAJ_ECOLI  (P37671    ), YJHI_ECOLI  (P39360    )
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
4 sequences

AFLS_ASPPU  (O42716    ), GEDD_ASPTN  (Q0CCY2    ), MDPA_EMENI  (C8VQ72    ), 
TPCD_ASPFU  (Q4WQZ4    )
» more

PDB
[Detailed view]
2 PDB

2XRN; 2XRO

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission