Entry: PS51077

General information about the entry

Entry name [info] HTH_ICLR
Accession [info] PS51077
Entry type [info] MATRIX
Date [info] FEB-2005 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2015 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00807
Associated ProRule [info] PRU00393

Name and characterization of the entry

Description [info] IclR-type HTH domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=63;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=58;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0114145; R2=0.0185352; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2582.06250; R2=15.40341; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=502; N_SCORE=11.3; H_SCORE=9221; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=243; N_SCORE=6.5; H_SCORE=6310; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='V'; M= -2,-17,-13,-22,-21, -7,-24,-17, 16,-16,  2,  6,-12,-23,-16,-15, -6, -1, 22,-29, -9,-20;
/M: SY='Q'; M= -2, -1,-25, -3,  7,-29,-15, -1,-20,  9,-22, -8,  2, -3, 22,  5,  4, -1,-21,-25,-13, 14;
/M: SY='S'; M= 10, -5,-15, -8, -8,-18,  0, -7,-15,-12,-20,-13,  1,-11, -7,-13, 18,  9, -6,-32,-16, -8;
/M: SY='L'; M= -2,-24,-18,-28,-21,  0,-27,-22, 20,-23, 23, 13,-22,-22,-20,-20,-16, -5, 19,-24, -6,-21;
/M: SY='D'; M= -7, 10,-24, 15, 15,-22,-14, -5,-20, -3,-16,-15,  3,-11,  0, -8,  2, -2,-15,-31,-15,  7;
/M: SY='R'; M=-16, -2,-29, -2,  4,-24,-19, -2,-28, 30,-21,-10,  2,-17, 10, 47, -9,-10,-20,-22,-11,  4;
/M: SY='A'; M= 27,-12,-15,-18,-14,-18,  8,-20,-10,-14,-11, -8, -9,-14,-13,-19,  7, -1, -1,-23,-19,-14;
/M: SY='L'; M=-10,-26,-22,-31,-21, 15,-27,-18, 18,-25, 29, 20,-24,-26,-19,-19,-23,-10, 10,-16,  3,-20;
/M: SY='R'; M=  1, -2,-23, -3,  4,-23,-12, -7,-19,  7,-16, -8, -1,-13,  7, 12,  1, -2,-14,-24,-14,  5;
/M: SY='I'; M= -4,-28,-16,-33,-26,  0,-32,-26, 30,-26, 21, 15,-24,-25,-22,-24,-18, -7, 26,-24, -5,-26;
/M: SY='L'; M=-11,-29,-21,-31,-21, 14,-30,-19, 20,-28, 39, 18,-27,-28,-19,-20,-27,-10, 10,-17,  3,-20;
/M: SY='D'; M= -7, 11,-25, 14, 14,-25,-11, -3,-22,  2,-18,-12,  6,-12, 10, -1,  0, -6,-21,-28,-15, 12;
/M: SY='L'; M=  4,-18,-20,-21,-14, -1,-19, -6,  2,-16,  8,  4,-15,-21,-10,-14, -8, -4,  0,-12,  5,-13;
/M: SY='L'; M=-11,-29,-20,-33,-25, 24,-31,-21, 20,-27, 28, 14,-26,-29,-26,-21,-23, -8, 16,-12,  9,-25;
/M: SY='A'; M= 14, -6,-16,-10, -5,-16, -4,-14,-11,-11, -9, -9, -4,-14, -7,-14,  7,  3, -5,-24,-14, -6;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='E'; M= -8,  3,-25,  5, 15,-20,-12, -4,-23,  7,-20,-14,  2,-11,  6,  3,  1, -4,-19,-21,-12, 10; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='N'; M= -2,  2,-22,  0,  1,-18, -8,  4,-16, -4,-14, -9,  5,-12,  0, -4,  1, -4,-14,-26,-10, -1; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='P'; M= -6, -4,-19, -2, -3,-19, -5, -8,-19, -2,-18,-12, -4,  3, -5, -1, -5, -7,-15,-15,-13, -6; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='G'; M= -5,  1,-23,  1,  0,-22,  7, -1,-26, -1,-20,-13,  5,-14, -1,  4,  2, -6,-20,-25,-15, -1; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='G'; M= -2, -7,-26, -5, -1,-23,  7,-11,-23, -7,-22,-14, -5,  5, -6, -7,  1, -6,-19,-21,-19, -5; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='L'; M=  1,-21, -5,-24,-17, -3,-23,-16,  7,-21, 12,  4,-20,-24,-17,-19,-12, -6,  8,-19, -5,-17; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='S'; M=  0, -3,-19, -6, -7,-20,  6,-14,-23, -6,-23,-16,  4,-10, -6, -2, 15, 13,-14,-29,-18, -8;
/M: SY='L'; M= -3,-23,-17,-26,-20,  2,-27,-22, 14,-23, 15,  6,-21,-14,-19,-22,-15, -7, 10,-21, -4,-21;
/M: SY='T'; M=  6, -3,-17, -7, -4,-17, -7,-13,-16, -3,-16,-10, -2,-12, -5, -4, 10, 13, -8,-25,-12, -5;
/M: SY='E'; M= -6,  9,-26, 15, 27,-28,-17, -1,-23,  3,-17,-12,  0, -6, 14, -3,  0, -5,-21,-29,-16, 20;
/M: SY='L'; M= -7,-29,-22,-33,-24,  4,-32,-23, 30,-27, 32, 20,-25,-25,-19,-23,-23, -9, 20,-21, -2,-24;
/M: SY='A'; M= 26, -9, -9,-15, -9,-18, -4,-13,-10,-12,-13, -8, -5,-13, -6,-16, 13,  3, -3,-27,-17, -8;
/M: SY='E'; M= -3,  4,-26,  7, 23,-27,-13, -2,-26, 11,-20,-14,  2, -9, 12,  8,  0, -7,-22,-26,-16, 17;
/M: SY='R'; M=  1, -7,-21,-10, -1,-16,-17,-11, -9,  1, -5, -4, -4,-16,  0,  3, -3, -1, -7,-24,-12, -1;
/M: SY='L'; M=  4,-17,-15,-21,-15, -1,-19,-19,  6,-19,  9,  4,-14,-19,-14,-17, -1,  6,  8,-24, -7,-15;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='G'; M= -2,  0,-28,  0, -6,-29, 36,-12,-33, -9,-27,-16,  4,-16, -7,-10,  1,-14,-26,-24,-24, -7;
/M: SY='L'; M= -7,-27,-18,-32,-23,  4,-30,-19, 25,-25, 28, 23,-25,-25,-17,-21,-22, -9, 17,-20,  0,-22;
/M: SY='P'; M=  0, -2,-26, -2, -2,-24, -7, -5,-21, -9,-26,-17,  3, 25, -6,-13,  5,  0,-21,-32,-21, -6;
/M: SY='R'; M= -9, -4,-26, -5,  0,-20,-19, -9,-18, 17,-15, -6, -1,-10,  3, 19, -7, -4,-14,-24,-11,  0;
/M: SY='S'; M= 12, -3,-14, -4, -1,-21,  1,-12,-19, -9,-25,-17,  4, -6, -2,-11, 27, 15,-11,-34,-20, -2;
/M: SY='T'; M=  6,  0,-13, -7, -4,-15,-13,-15,-15, -5,-16,-13,  2,-10, -5, -4, 19, 29, -6,-30,-14, -4;
/M: SY='V'; M=  7,-22, -9,-26,-22, -4,-23,-25, 14,-20, 12,  5,-21,-23,-21,-20, -7,  3, 23,-26,-10,-22;
/M: SY='H'; M=-16,-10,-26,-11, -9,  2,-23, 32,-12, -8, -7, -1, -4,-23,  0,  0,-10, -9,-15, -9, 27, -8;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='R'; M=-12, -4,-25, -7, -2,-18,-14, -3,-23, 18,-18,-10,  5,-18,  4, 40, -4, -5,-15,-23,-12, -2; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='L'; M=-11,-26,-20,-30,-22,  7,-31,-11, 21,-26, 29, 19,-23,-26,-17,-20,-24,-10, 11,-18,  6,-21;
/M: SY='L'; M= -7,-28,-16,-30,-22,  8,-29,-21, 19,-27, 37, 18,-28,-28,-20,-20,-24, -7, 14,-21, -2,-21;
/M: SY='Q'; M= -7,  0,-24, -2,  2,-21,-14,  1,-18,  4,-17, -7,  4,-11,  8,  8,  0,  0,-17,-26,-10,  4;
/M: SY='T'; M=  1, -2,-14, -7, -9,-11,-12,-16, -9,-11,-10, -8, -1,-14,-11,-12, 11, 22, -1,-29,-12, -9;
/M: SY='L'; M=-10,-28,-20,-29,-20,  7,-25,-17, 18,-26, 42, 25,-27,-28,-17,-18,-27,-10,  9,-20, -1,-18;
/M: SY='E'; M= -2,-11,-22,-11,  3,-16,-23,-12, -3, -1, -6, -2,-12,-16,  2, -2, -5, -5,  2,-24,-10,  2;
/M: SY='E'; M= -6,  3,-24,  4, 16,-21,-16, -1,-20,  4,-17,-10,  2,-11, 12,  5,  4, -1,-18,-25, -9, 13;
/M: SY='H'; M= -7, -9,-15,-10,  3,-15,-19,  7,-14, -6, -7, -1, -8,-17,  2, -5, -8,-10,-14,-20, -5,  2;
/M: SY='G'; M= -3,  0,-28,  0, -4,-28, 37,-12,-34, -9,-27,-19,  6,-16,-10, -9,  1,-13,-27,-24,-25, -7;
/M: SY='Y'; M=-16,-25,-24,-29,-23, 33,-29, -7,  6,-18, 11,  8,-22,-28,-20,-14,-21,-10,  2,  9, 34,-22;
/M: SY='V'; M= -2,-28,-16,-30,-26,  4,-30,-26, 26,-23, 20, 12,-26,-27,-25,-21,-15, -3, 31,-24, -5,-26;
/M: SY='E'; M= -2,  1,-22,  2, 10,-20,-13, -6,-19,  0,-15,-11,  0,-11,  3,  1,  5,  3,-14,-27,-12,  5;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='R'; M=-10, -6,-24, -7,  4,-15,-18, -3,-18,  7,-15, -7, -2,-10, 13, 17, -1, -4,-16,-20, -8,  8; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='D'; M= -8, 16,-22, 19,  4,-23,-13, -4,-16, -4,-16,-13, 10,-14, -1, -8,  1, -2,-12,-32,-14,  1; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='P'; M=  2, -4,-18, -3,  1,-24, -2,-10,-21, -5,-22,-15, -4, 10, -4,-11,  1, -5,-18,-27,-20, -3; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='E'; M= -4,  8,-15, 11, 16,-17, -9,  3,-15,  1,-11, -9,  4, -5,  8, -2,  1, -4,-15,-19, -9, 12; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-22; MD=-22; IM=-22; DM=-22;
/M: SY='B'; M= -2, 10,-17, 10,  2,-19, -1, -3,-20, -3,-17,-14,  9,-11, -2, -5,  6,  0,-15,-26,-14, -1; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='G'; M= -8, -1,-28,  0,  0,-27, 15, -4,-30,  5,-25,-14,  3,-15, -2,  4, -4,-14,-24,-22,-17, -2; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='R'; M= -7, -7,-23,-11, -7,-13,-14, -7,-14,  7,-11, -4, -3,-19, -3, 11, -5, -3,-10,-18, -5, -6;
/M: SY='Y'; M=-17,-24,-30,-26,-22, 34,-28,  6, -3,-15, -1, -3,-22,-29,-16,-13,-21,-12,-10, 38, 61,-21;
/M: SY='R'; M= -2,-10,-15,-13, -8,-13,-17, -1,-10, -4,-11, -5, -5,-18, -1,  4,  3,  2, -5,-24, -4, -6;
/M: SY='L'; M= -7,-27,-18,-29,-21,  4,-30,-21, 19,-26, 31, 13,-26,-20,-19,-21,-22, -7, 12,-21, -1,-21;
/M: SY='G'; M= -1,-10,-28,-11,-19,-25, 53,-20,-34,-19,-25,-18, -2,-19,-19,-19,  1,-11,-25,-16,-25,-19;
/M: SY='P'; M= -4,-17,-25,-17, -9,-11,-22,-16, -1,-14, -1, -2,-15, 12,-11,-15, -8, -1, -5,-24,-10,-13;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Post-processing [info]

PROMOTED_BY PS51078

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2015_08 which contains 320'201 sequence entries.


Total number of hits 32 in 32 different sequences
Number of true positive hits 32 in 32 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] PS_Langendijk_Genevaux
Taxonomic range [info] Archaea, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] HTH iclR-type
Version [info] 3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
32 sequences

ALLR_ECO57  (P0ACN6), ALLR_ECOK1  (A1A8H2), ALLR_ECOL5  (Q0TKD5), 
ALLR_ECOL6  (P0ACN5), ALLR_ECOLI  (P0ACN4), ALLR_ECOUT  (Q1RF28), 
ALLR_KLEPN  (Q765S0), ALLR_SALCH  (Q57S48), ALLR_SALPA  (Q5PCF5), 
ALLR_SALTI  (Q8Z8R2), ALLR_SALTY  (Q8ZR86), ARCR_HALS3  (B0R9X6), 
GYLR_STRCO  (P15360), GYLR_STRGR  (P22866), ICLR_ECOLI  (P16528), 
ICLR_SALTY  (P17430), KDGR_DICCH  (P37728), KDGR_ECOLI  (P76268), 
KIPR_BACSU  (P42968), MHPR_ECOLI  (P77569), PCAR_PSEPU  (Q52154), 
PCAU_ACIAD  (O83046), POBR_ACIAD  (Q43992), RHMR_ECOLI  (P77732), 
SAUR_CUPNH  (Q0K846), SRPS_PSEPU  (Q9R9U0), TSAQ_COMTE  (Q6XL52), 
TTGV_PSEPT  (Q93PU6), Y1032_HAEIN (P44996), YAGI_ECOLI  (P77300), 
YIAJ_ECOLI  (P37671), YJHI_ECOLI  (P39360)
» More

PDB
[Detailed view]
2 PDB

2XRN; 2XRO

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission